Котохито родился в Киото 10 ноября 1865 года. Он был 16-м сыном принца Кунииэ (1802—1875), который являлся главой линии Фусими — одной из четырёх ветвей японской императорской фамилии, имевших право претендовать на трон в случае угасания основной ветви. В возрасте трёх лет Котохито был отправлен в монастырь Самбо-ин, чтобы стать буддистским монахом, однако в связи с высокой детской смертностью в основной линии императорской фамилии император Комэй решил сделать Котохито потенциальным наследником престола, поэтому в 1872 году Котохито был сделан главой линии Канъин, угасшей в 1842 году после смерти её последнего (5-го) представителя — принца Нарухито. Таким образом Котохито стал приёмным братом Муцухито (будущего императора Мэйдзи) и дядей Ёсихито.
19 декабря 1891 года принц Котохито женился на принцессе Тиэко, дочери принца Санэтоми. У пары было семь детей — 5 дочерей и 2 сына:
В 1877 году Котохито поступил в Рикугун сикан гакко, и окончил это учебное заведение в 1881 году. В 1882 году император послал его в качестве военного атташе во Францию для изучения военной тактики и новых технологий. В 1894 году он закончил Рикугун дайгакко со специализацией по кавалерии.
Принц Котохито участвовал в первой японо-китайской войне, с 1897 по 1899 годы был командиром 1-го кавалерийского полка, в 1901 году стал командиром 2-й кавалерийской бригады, участвовал в русско-японской войне. В 1905 году он получил звание генерал-лейтенанта, в 1906 стал командиром 1-й дивизии, в 1911 — дивизии Императорской гвардии. В 1912 году он получил звание генерала и стал членом Высшего военного совета. В 1919 году Котохито стал самым молодым фельдмаршалом японской армии.
В 1921 году Котохито сопровождал наследного принца Хирохито в его поездке по Европе. 1 декабря 1931 года принц Котохито был назначен главой Генерального штаба.
Пребывание Котохито на посту начальника Генерального штаба привело к совершению императорской армией крупных военных преступлений — таких как «нанкинская резня» и применение химического оружия: первая директива о применении химического оружия была передана фельдмаршалом Котохито 28 июля 1937 года, вторая — 11 сентября 1937 года (во время сражения за Шанхай), третья — 11 апреля 1938 года (во время боёв во Внутренней Монголии).
Котохито способствовал смещению Сюнроку Хаты с поста министра армии, что привело к падению кабинета Ёная в июле 1940 года. После формирования кабинета Коноэ Котохито стал членом Совместного совещания правительства со Ставкой и поддержал подписание «Тройственного пакта».
3 октября 1940 года Котохито ушёл с поста начальника Генерального штаба, но остался членом Высшего военного совета, а также главным советником императора по военным вопросам.
Котохито скончался от болезни в летней резиденции линии Канъин в Одаваре 21 мая 1945 года, и был удостоен государственных похорон.