Родился 15 августа 1845 года в Ливерпуле в семье живописца и миниатюриста Томаса Крейна. Вскоре семья Крейнов перебралась в Девоншир, а в 1857 году переехала в Лондон. Первым учителем Крейна был его отец. После смерти Томаса Крейна в 1859 году Уолтер стал учеником гравёра Уильяма Джеймса Линтона. Тот оценил высокое исполнительское качество работ юноши и помог ему получить первые заказы. Участник чартистского движения, Линтон познакомил Крейна с политическим и религиозным деятелем Дж. Р.Уайзом, чьи радикальные взгляды в значительной степени повлияли на мировоззрение художника и его увлечение социалистическими идеями. Уайз первым познакомил Крейна с поэзией Шелли, которая, по словам самого художника, «сделала его бунтарем», а также с трудами Джона Рескина, в те годы активного идеолога движения прерафаэлиты.
В 1862 году Крейн дебютировал на выставке в Королевской Академии своей картиной «Леди Шалотт». Вскоре он стал одним из лидеров группы молодых художников, объединенных восхищением творчеством Берн-Джонса и Симеона Соломона. Критики презрительно окрестили их «группой поэтов без школы грамматики», намекая на незрелость их стиля. Их работы регулярно отклонялись жюри выставок Королевской Академии, и молодые художники экспонировали свои полотна в более либеральной Галерее Дадли. В течение 1870-х годов Крейн также активно участвовал в выставках Общества акварелистов, а с 1877 года показывал свои работы в Галерее Гросвенор и в Новой Галерее.
В 1871 году художник женился и осенью того же года отправился в свадебное путешествие по Италии. По дороге в Рим он побывал в Вероне и Венеции, изучая полотна Мантеньи, Карпаччо и Беллини, а также во Флоренции, где пришел в восхищение от картин Боттичелли «Весна» и «Рождение Венеры», представленных в Галерее Уфицци, тогда еще не самых почетных местах. (Позднее он выразил свой восторг, написав свое «Рождение Венеры», пожалуй, самую «итальянскую» из его картин, показанную на первой выставке в Галерее Гросвенор и купленную художником Джорджем Фредериком Уоттсом.) В Риме Крейн приступил к работе над одной из самых сложных и символичных своих работ — «Смерть Года» (1872). Картина навеяна одноименной поэмой Шелли, написанной в 1821 году и изданной посмертно. На картине изображены аллегорические фигуры месяцев, сопровождающих катафалк с телом мертвого года. Во главе процессии идут две фигуры — Время в образе священника, читающего поминальную молитву, и Любовь, крылатая фигура с кадилом в руке. «Смерть года» определила интерес художника к мистической символике, что сближает его искания с творчеством Эдварда Берн-Джонса, перед талантом которого Крейн преклонялся.
В 1871 году Крейн познакомился с Берн-Джонсом и Уильямом Моррисом. Последний также придерживался социалистических взглядов и на долгие годы стал близким другом художника, а его книга «Искусство и социализм» оказала на мировоззрение Крейна огромное влияние. Вместе с Моррисом он принял активное участие в движении за возрождение традиционных искусств и забытых ремесел и тем самым внес значительный вклад в развитие декоративного искусства.
Крейн выполнял рисунки для обоев, разрабатывал эскизы гобеленов, витражей и керамической плитки, занимался дизайном интерьера. В оформлении интерьера он стремился достичь гармонии целого, начиная от основных линий ансамбля и кончая простейшими бытовыми предметами, опираясь при этом на исследования в области линии и цвета. В 1888 году художник стал одним из организаторов и первым президентом "Общества искусств и ремесел", цель которого он видел в том, чтобы «превратить художников в ремесленников, а ремесленников — в художников». В задачи общества входила организация выставок произведений прикладного искусства с целью их популяризации. Среди членов общества были также Уильям Моррис, Эдвард Берн-Джонс, Хейвуд Самнер, Филип Уэбб, Эдвард-Онслоу Форд и другие художники.
Крейн был весьма разносторонним художником и преуспел во многих областях искусства, однако наиболее ощутимый вклад он внес в английскую книжную графику. В начале 1860-х годов художник познакомился с издателем Эдмундом Эвансом, пионером недорогой цветной печати. Вместе они начали массовое производство детских книг на дешевой бумаге, а потому доступных даже людям с малым достатком. Изысканное художественное оформление, великолепное знание детской психологии и невысокая цена продукции тандема Эванс-Крейн вскоре сделали первого богатым, а второго широко известным. В 1870-х годах Крейн выполнил целый ряд детских книжек-тетрадок для лондонского издательства «Джордж Роутлидж и сыновья», которые еще более упрочили его успех и сделали одим из самых популярных художников книги. Крейн выполнил более 50 богато иллюстрированных книг для детей.
Графический стиль Крейна явился отражением его интереса к искусству Ренессанса, что проявилось в первую очередь в изображении костюмов и интерьеров. Он также испытал значительное влияние японской гравюры с ее линеарностью и локальным цветовым решением, что, по мнению художника, абсолютно соответствовало особенностям детского восприятия.
В 1895 году Крейн был избран почетным членом Мюнхенской Академии. В течение многих лет художник исполнял обязанности директора Манчестерской Школы искусств; в 1897—1898 годах он также непродолжительное время возглавлял Королевский художественный колледж, однако невозможность совмещать службу и творчество вынудила его оставить этот пост. Уолтер Крейн был также литературно одаренным человеком и блестящим теоретиком искусства. Свои эстетические взгляды он изложил в работах «Задачи декоративного искусства» (1892), «Декоративная книжная иллюстрация» (1896), «Основы рисунка» (1898), «Линии и формы» (1900) и другие. В 1907 году увидела свет книга воспоминаний художника.
В политике Крейн придерживался левых взглядов. Исповедуя марксизм, художник, вместе с тем, отвергал идею достижения социализма революционным путем, считая, что смена общественных формаций должна произойти через образование и просвещение рабочих масс. Он был членом Независимой лейбористской партии, принимал активное участие в издании партийной литературы. Активная жизненная позиция удивительным образом сочеталась в нем с кротостью характера, деликатным, почти нежным отношением к близким людям, что отмечают в своих воспоминаниях многие его современники.
В декабре 1914 году на Крейна обрушилось несчастье: его жена Мэри погибла под колесами поезда. Художник был глубоко потрясен смертью любимой женщины, с которой прожил 44 года. Не пережив утраты, он умер три месяца спустя, 14 марта 1915 года, в Хоршемской больнице.