Начал карьеру в клубе «Эмелек» из родного Гуаякиля.
В сферу интересов российских агентов, работающих для казанского клуба, попал случайно, Курбану Бердыеву предложили другого игрока, но на просмотре он отметил именно Нобоа.
В 2007 году подписал контракт с «Рубином» на пять лет. В дебютном матче против «Ростова» забил гол в свои ворота. Первый мяч в Премьер-лиге забил в ворота московского «Спартака». Стал первым эквадорцем в российском футболе.
В 2008 году Нобоа стал одним из ключевых футболистов в тактической схеме Курбана Бердыева, хотя и получил место в основном составе лишь после июньского перерыва. Сыграл в итоге 21 матч и забил шесть голов. Возможно, всплеск в игре Нобоа связан с тем, что он адаптировался в Казани, познакомился с русской девушкой Ольгой и даже выучил русский язык.
В 2010 году ходили возможные слухи о продолжении карьеры полузащитника в Европе, но, тем не менее, Нобоа остался в составе «Рубина»: в том году эквадорец стал одним из лидеров команды, много забивая и отрабатывая в обороне.
В зимнее межсезонье 2011/12 Нобоа перешёл в состав московского «Динамо». В четвёртомм матче за новую команду забил победный мяч для московского «Спартака», поразив собственные ворота.
Жена Ольга. Есть сын Кристофер Диего. Отец Фернандо, мать Соня и два брата Роберто и Давид живут в Гуаякиле.