Ф.Хохтеттер родился в семье священника. Закончил духовную семинарию в Маульбронне, и затем изучал теологию и естественные науки в Тюбингенском университете. После этого учёный живёт в Австрии, где он по заданию геологического имперского управления исследует Чешский лес, Рудные горы, Карлсбадские горы и Чешские срединные горы. В 1856 году Хохштеттер становится приват-доцентом Венского университета. В 1857 году учёный, по поручению Венской императорской академии наук, принимает участие в австрийской кругосветной экспедиции Новара. После прибытия фрегата «Новара» в Новую Зеландию Ф.Хохштеттер остаётся в этой стране с тем, чтобы её картографировать и провести геологические исследования. Заслугой австрийского учёного является составление первой геологической карты Новой Зеландии.
Ф.Хохштеттер возвратился в Австрию в 1860 году, в том же году он становится профессором геологии и минералогии в Венском высшем техническом училище. С 1876 года он — директор венского Музея естествознания. Ф.Хохштеттер продолжает много путешествовать. Так, в 1863 году он посещает с научными целями Швейцарию и Италию, в 1869 — европейскую часть Османской империи, в 1872 — центральную часть России и Урал. Ему принадлежит также первая геологическая карта Балканского полуострова, входившего тогда в состав Турции.
В честь учёного названы: