Кристиан был первым представителем Глюксбургской линии Ольденбургской династии на датском престоле. Сын Фридриха Вильгельма, герцога Шлезвиг-Гольштейн-Зондербург-Глюксбургского. По рождению не будучи прямым наследником датского престола, в 1847 был объявлен по воле короля Кристиана VIII, на племяннице которого Луизе был женат, преемником после будущего Фредерика VII, так как последний не мог иметь детей. Это решение было поддержано крупными державами Европы.
Вступив на престол в 1863, Кристиан IX практически сразу же оказался ввязан в борьбу с Пруссией из-за проблемы наследования герцогства Шлезвиг-Гольштейн, закончившуюся датско-прусской войной в 1864. Так как Кристиан не был наследником прежних датских королей по мужской линии, он не мог унаследовать Шлезвиг-Гольштейн по салическому закону. Пруссия (и шлезвигские немцы) выставили против Дании немецкого наследника герцогства — Фридриха Августенбургского, впоследствии тестя Вильгельма II (отца императрицы Августы Виктории). По итогам войны Дания утратила как Шлезвиг, так и Гольштейн; последнее не было обговорено Пруссией с её союзницей Австрией и привело уже к австро-прусской войне. Кристиан в дальнейшем сохранял отрицательные чувства к выросшей в результате этих войн Германской империи.
Кристиан был консерватором, неохотно шедшим на парламентские реформы. К концу правления он дал автономию Исландии и демократизировал состав Фолькетинга. В 1891 были введены пенсии по возрасту, в 1892 — пособия по безработице.
С 1842 года Кристиан был женат на Луизе Гессен-Кассельской (1817—1898), племяннице короля Кристиана VIII. Супруги имели шестерых детей:
Король Кристиан находился в тесных родственных связях с королевскими домами Европы. Он был отцом двух королей — своего преемника Фредерика VIII и короля Греции Георга I, британской королевы Александры, жены Эдуарда VII, и российской императрицы Марии Фёдоровны, жены Александра III.
Кристиан приходился, таким образом, дедом Николаю II, который называл его в своём дневнике Апапа? («Дедушка», французское детское слово). Среди других внуков Кристиана — Константин I Греческий, Георг V Великобританский, Хокон VII Норвежский. Этот невероятный успех потомства Кристиана и Луизы — «тестя» и «тёщи Европы», как их называли — связывают не с талантами короля, а с династическими амбициями его жены.
Сейчас большинство монархов Европы является прямыми потомками Кристиана IX.