Дебютировал в августе 1997 года.
В начале карьеры потерпел три поражения.
В феврале 2006 года в элиминаторе встретился с Луисом Мальдонадо. Бой закончился в ничью.
В сентябре 2006 года в бою за временный титул чемпиона мира во 2-м наилегчайшем весе раздельным решением судей победил Катсушиге Кавашиму.
В январе 2007 года Михарес в повторном бою нокаутировал Кавашиму.
В апреле 2007 года Михарес победил полноценного чемпиона Хорхе Арсе.
В феврале 2008 года состоялся бой между Кристианом Михаресом и Хосе Наварро. Наварро больше бил, но Михарес чаще попадал, это и предопределило победителя. Наварро получил рассечение над правым глазом, из-за которого рефери несколько раз прерывал поединок и отводил боксера на осмотр врача. По итогам 12-ти раундом мнения судей разделись: двое сочли победителем чемпионом, а судья Даг Таккер отдал все 12 раундов претенденту. Комментаторы HBO Ларри Мерчант и Джим Лэмпли были шокированы оценками Дага Таккера. Мерчант сразу же вспомнил схожий случай в Токио с Наварро, где также один судья отдал почти все раунды претенденту, а двое других сочли победителем чемпиона. Поединок проходил в рамках шоу, организованного телеканалом HBO, главным событием которого был 2-й бой Келли Павлик - Джермен Тейлор.
В мая 2008 года состоялся объединительным бой во 2-м наилегчайшем весе между чемпионами по версии WBC Кристианом Михаресом и по версии WBA Алексндром Муньосом. Бой носил открытый характер: оба боксёра постоянно атаковали друг друга, устраивая зрелищные размены. Однако периодически при попытке пробить точный удар боксёра зрелищно промахивались. В середине 6-го раунда Муньос провёл правый хук по затылку Михареса. Рефери его устно предупредил. Через несколько секунд ситуация повторилась. Рефери снял с венесуэльца одно очко. По окончании боя мнения раздельным решением судей победу присудили Кристиану Михаресу. Оценки в пользу Муньоса публика встретила неодобрительным гулом.
В августе 2008 года Михарес вышел на ринг против таиландца Чатчая Сасакула. В конце 2-го раунда Михарес провёл левый хук в подбородок противника. Сасакул упал. В это же время провзучал гонг. Таиландцец сразу же поднялся. К нему подбежал его секундант. Рефери приказал ему уйти обратно, и отсчитал нокдаун Сасакулу. Таиландец выслушал счёт шатаясь из стороны в сторону. Рефери позволил ему продолжать бой. В середине 3-го раунда Михарес провёл левый апперкот в челюсть, а затем добавил и правый. Сасакул вновь упал на канвас. Рефери начал отсчитывать нокдаун. Таиландцец поднялся на счёт 5, но его сильно повело в сторону. Рефери прекратил бой. Сасакул решение не оспаривал.
В ноябре 2008 года состоятся бой за звание абсолютного чемпиона мира во 2-м наилегчайшем весом между Кристианом Михаресом и Виком Дарчиняном. В конце 1-го раунда армянин провёл левый апперкот в челюсть противника. Михарес рухнул на канвас. Он поднялся на после счёта 8. Дарчинян не успел добить противника, так как через несколько секунд прозвучал гонг. Армянин доминировал весь бой. В конце 9-го раунда он пробил левый хук в челюсть. Михарес вновь упал. Рефери досчитал до 5, и видя, что мексиканец не предпринимает попыток встать, прекратил бой. Михарес лежал на канвас более 10 секунд.