Первым профессиональным клубом Пануччи стала «Дженоа», где он дебютировал в 1992 году. После двух проведённых сезонов в этом итальянском клубе, Пануччи перебрался в «Милан», где в своём первом сезоне успел выиграть и чемпионат Италии, и Лигу чемпионов. В следующем сезоне он уже был основным защитником «россонери».
В 1997 году Пануччи стал первым итальянским игроком в чемпионате Испании — он уехал играть за «Реал». В его составе защитник выиграл вторую для себя Лигу чемпионов, а также Межконтинентальный Кубок. Полгода он провёл на правах аренды в «Милане».
В 1999 году перебрался в «Интер», где провёл лишь один сезон. Следующие два года Пануччи играл в «Монако» и «Челси», нигде не являясь основным защитником.
С 2001 года в «Роме». Здесь Кристиан наконец обрёл стабильность. Уже в дебютном сезоне он отыграл за римлян 31 матч. К нынешнему моменту количество матчей защитника за «Рому» перевалило за 200. В 2007 году в составе римлян Пануччи выиграл кубок Италии. В 2008 году вице-капитан римского клуба стал не последним творцом победы в Кубке страны и выигрыше серебра в чемпионате.
Летом 2009 года контракт Пануччи с «Ромой» закончился, и столичный клуб решил не продлевать его. На правах свободного агента перешёл в «Парму», которая подписала футболиста на 1 год. Однако 23 февраля 2010 года по семейным причинам контракт был расторгнут по обоюдному согласию. В июле 2010 года появилась информация о возможном переходе Пануччи в «Фиорентину».
22 августа 2010 года в эфире Sky Sport 24 Пануччи объявил окончательное решение о прекращении карьеры игрока.
Проведя несколько игр за молодежную сборную Италии, Пануччи дебютировал в 1994 году в составе главной команды. Однако, первый серьёзный турнир для итальянца прошёл лишь в 2002 году, Пануччи поехал на Мундиаль и сыграл несколько матчей. Позднее, он участвовал в Евро-2004, а затем не вызывался в сборную при Марчелло Липпи, упустив шанс стать чемпионом мира в 2006 году. На отборочные игры к Евро-2008 Пануччи несколько раз вызывался новым тренером сборной Роберто Донадони.
Милан
Реал Мадрид
Рома