Начал профессиональную карьеру за уругвайский гранд «Пеньяроль» в 2002 году. В 2003 году он стал чемпионом страны, вместе с ним в той команде выступал легендарный парагвайский вратарь Хосе Луис Чилаверт. В 2004 году Родригес в основном избавлялся от последствий тяжёлой травмы.
В 2005 году Кристиан перешёл во французский клуб «Пари Сен-Жермен», первый сезон не был особо примечательным, а во втором он помог своей команде сохранить прописку в Лиге 1, забив мяч в ворота «Монако».
Чтобы прекратить бороться с командой за выживание, Кристиан принял решение перейти в стан португальского гранда — «Бенфики» — в сезоне 2007/08 на правах аренды.
С 2008 года Кристиан Родригес стал выступать за «Порту». Он составил ударную тройку в нападении команды вместе с аргентинцем Лучо Гонсалесом и бразильцем Халком.
24 марта 2012 года Родригес был отстранён от тренировок команды из-за конфликта с одноклубником Жуаном Моутинью.
За сборную Уругвая Кристиан Родригес дебютировал в возрасте 18 лет в матче против сборной Мексики. Родригес — участник трёх Кубков Америки. На его счету гол в 1/4 финала розыгрыша 2007 года в ворота хозяев, Венесуэлы. В 2011 году на Кубке Америки вместе со своей сборной стал чемпионом Южной Америки.