Дебютировал в чемпионате Италии 31 августа 1997 года в матче против «Интера» в Милане (1:2).
За сборную впервые сыграл 7 ноября 2001 года в товарищеском матче против Японии в Сайтаме (1:1). В той игре он забил гол.
4 августа 2011 года Дони был дисквалифицирован на 3,5 года по обвинению в замешательстве в договорных матчах, а «Аталанта» оштрафована на 6 очков. Вскоре после этого в интервью футболист выразил возмущение своей дисквалификацией и заявил, что не имеет отношения к договорным матчам. Позже он сказал: