Кристина Магдалена была старшей дочерью пфальцграфа Иогана Казимира Цвайбрюкен-Клебургского (1589—1652) и принцессы Катарины (1584—1638), дочери короля Карла IX. Брат Кристины Магдалены стал в 1654 году Карлом X, королём Швеции.
После смерти матери Кристины, Марии Элеоноры Бранденбургской, Кристина Магдалена занималась воспитанием будущей шведской королевы Кристины.
30 ноября 1642 года в Стокгольме Кристина Магдалена вышла замуж за Фридриха VI (1617—1677).
В 1656 году получила коммуну Кутценхаузен для своего брата Карла X, которая была продана в 1703 году.
У Кристины Магдалены было 7 детей: