Знаток языка кечуа благодаря продолжительному проживанию в городе Куско, бывшей столице Империи Инков, написал доклад Ritos y F?bulas de los Incas, написанную в 1575 году и опубликованную в 1916; в этом произведении он описал религиозные и магические методы инков, использовавшиеся ими при лечении заболеваний, а также собрал сведения о местных религиозных праздниках, их периодичности и значении.
Молина экзаменовал местных индейских начальников, а также обучал население. Он составил ещё один доклад, сохранившийся благодаря включению его в книгу Мигелью Кабельо Бальбоа в 1586 году.
Этот доклад написан для доктора дона Себастьяна де Артаун, являвшегося епископом Куско с 1570 по 1584 года и провинциальным Советником Его Величества Короля Испании.
Рукопись храниться в Национальной библиотеке Мадрида, Рукопись 3369, листы 2-36, 1575 год.
Молина приводит в своём докладе 14 молитв записанных на языке кечуа, обращенных к богам Пачакамак, Пачаячачик, Тикси-Виракоча, Ванакаури, Пунчау, Кильа (Паска-мама), различным вакам. То есть: 4 — к Всевышней Сути, 2 — к Солнцу, 1 — счастливым пучкам, 4 — Инкам, 2 — вакам или богам, 1 — земле.
Также содержит легенду об Акойрапа и Чукильянту (Aqoyrapha y Chukillanthu), и 12 стихов.
Многие слова кечуа у него записаны неправильно, и потому значение их не всегда можно прояснить.