Первым клубом Кристофа Метцельдера был «ТуС Хальтен», за который он активно играл с 1986 годa. С 1995 года выходил на поле в составе молодёжной команды «Шальке 04», годом позже перешёл в клуб «Пройссен» из Мюнстера.
Летом 2000 года перешёл в дортмундскую «Боруссию», в которой сперва был игроком лишь второй команды. Тем не менее, из-за травм защитников основной команды Кристиана Вёрнса и Штефана Ройтера получил возможность выйти в стартовом составе основной команды в матче первого тура против «Ганзы» из Ростока, в котором победу со счётом 1:0 одержала «Боруссия».
В следующее время, которое стало наиболее успешным в карьере Метцельдера, стал призываться в сборную Германии, дебютный матч за которую провёл 15 августа 2001 года в товарищеской встрече со сборной Венгрии, закончившейся победой немцев со счётом 5:2.
Летом 2007 года подписал контракт с клубом «Реал Мадрид», который в то время возглавлял его соотечественник Бернд Шустер. Проведя в испанском клубе три сезона, летом 2010 года вернулся в Германию, подписав контракт с «Шальке 04» до конца 2013 года.
В юности был алтарником и закончил в 2000 году обучение в местной гимназии имени Йозефа Кенига. Параллельно с карьерой футбольного профи в 2001 году начал заочное обучение в университете по специальности «Организация производства».
У Кристофа есть три брата. Его младший брат Мальте Метцельдер тоже футболист и играет за клуб «Ингольштадт 04».