Марло родился [6 февраля [крещен 26 февраля в церкви Св.Георгия]] 1564 г. в Кентербери, в семье сапожника. В родном городе посещал кентерберийскую Королевскую школу, затем учился в Кембридже. Окончил Колледж Тела Христова в Кембриджском университете, став бакалавром (1584), а затем — по-видимому, по протекции руководителя секретной службы Ф. Уолсингема — магистром (1587). Связь Марло с последним по-видимому и объясняет много вольностей в его поведении ещё во время учёбы в Кембридже. Так он мог спокойно покинуть Кембридж, как то было с февраля по июнь 1587 г. Никто не знал, где Марло всё это время находился. Это сошло ему с рук, видимо, не без покровительства влиятельных особ Лондона. Как утверждают многие исследователи биографии английского поэта и драматурга, в том числе и Е. Черняк в своей книге «Пять столетий тайной войны» по заданию Уолсингема Марло выполнял некую тайную миссию в Европе. Целью его было собрать подробную информацию о деятельности английского католического подполья во Франции, пытавшегося бросить вызов протестантскому режиму королевы Елизаветы I.
Позже Кристофер Марло переехал в Лондон и занялся активной литературной деятельностью. Тогда же вступил в кружок драматургов «Университетские умы», куда входили поэты Д. Лили, Т. Нэш, Р. Грин, Дж. Пил и Т. Лодж. Тогда же была поставлена его первая трагедия «Тамерлан великий, скифский пастух». Приблизительно с этого времени его отношения с правительством резко меняются. Вольнодумный кружок У. Рэйли, в который вступил Марло, не был на хорошем счету у правительства. Считалось, что там проводились некие богохульные обряды. В мае 1593 года в Лондоне произошли волнения, в которых участвовали католики и протестанты. В городе распространялись памфлеты с выпадами против рабочих-иммигрантов из Фландрии. Тайный совет искал авторов этих воззваний среди лондонской литературной богемы. Были произведены обыски, в том числе на квартире драматурга Томаса Кида. Среди его бумаг были обнаружены заметки, содержащие еретические высказывания: доказательства атеизма, отрицание Божественной сущности Христа, насмешки над его чудесами. Кид, помещённый в тюрьму, показал, что бумаги принадлежали Марло и остались от совместной работы над пьесой два года назад. Был или не был Марло тайным агентом, формально совет должен был допросить его. 20 мая 1593 г. поэта, гостившего у своего друга Томаса Уолсингема (кузена Фрэнсиса Уолсингема) в поместье Скедбери (Кент), вызвали на заседание Тайного Совета, но не арестовали, а лишь велели каждый день отмечаться в канцелярии Совета до тех пор, пока не будет вынесен приговор по его делу. Он переехал в Дептфорд, вероятно, допрос так и не состоялся, а через 10 дней Марло убили.
30 мая 1593 г. Марло был зарезан в одном из домов (по одной из версий — в таверне) города Дептфорда. Похоронен 1 июня в этом же городе. По поводу обстоятельств и причин смерти поэта до сих пор существуют противоречивые версии. По одной из них в последний день своей жизни Марло обедал в таверне с компанией подозрительных личностей: Инграмом Фризером, Николасом Скирсом и Робертом Пули. После между ними возникла ссора. Марло выхватил из рук Фризера кинжал и нанёс тому несколько ударов. Фризер пытался вырвать оружие из рук Марло, в потасовке кинжал вонзился над правым глазом Марло. Одни исследователи связывают убийство с шпионской деятельностью Марло, другие говорят о бытовой ссоре, приведшей к фатальному исходу. Гибель Марло также породила слухи о его причастности к секретам английской разведки.
В этом деле действительно много странного, начиная от путаницы с точной датой смерти поэта (по одним данным — 30 мая, по другим — 1 или 2 июня) до имен убийц (их имена несколько раз менялись, а основные подозреваемые — Фризер, Скирс и Пули — считались агентами секретной службы, что и помогло им впоследствии уйти от наказания). Расследование преступления велось крайне неопрятно. Вердикт судьи гласил, что Фризер действовал в пределах самообороны. Складывалось впечатление, что власти хотят быстрее замять это дело. Ведь смерть Марло была для них весьма кстати. Со смертью поэта можно было захоронить и многие тайны, о которых он знал, если считать, что он действительно работал на секретную службу.
Ходили даже и вовсе невероятные слухи, что Уолсингем инсценировал смерть своего агента дабы спасти от суда и сохранить для дальнейшей работы. Но именно ему Марло был скорее нужен мёртвым, нежели живым.
Одна из конспирологических версий исследователей т. н. «шекспировского вопроса» приписывает Марло (якобы не погибшему в 1593 г.) произведения, известные под именем Шекспира.
Марло внёс большие изменения в английскую драму. До него здесь хаотически нагромождались кровавые события и вульгарные шутовские эпизоды. Он первым сделал попытку придать драме внутреннюю стройность и психологическое единство. Марло преобразовал стихотворную ткань драмы введением белого стиха, существовавшего до него лишь в зачаточном состоянии. Он начал более свободно, чем его предшественники, обращаться с ударными слогами: трохей, дактиль, трибрахий и спондей заменяют у него властвовавший у его предшественников ямб. Этим он приблизил трагедию к классической драме типа Сенеки, популярной тогда в английских университетах. Марло видел подлинные истоки трагического не во внешних обстоятельствах, определяющих судьбу персонажей, а во внутренних душевных противоречиях, раздирающих исполинскую личность, поднявшуюся над обыденностью и расхожими нормами.
Современников поражал мощный стих Марло, звучавший для елизаветинской эпохи свежо и необычно. М. Дрейтон назвал его вдохновение «прекрасным безумием, которое по праву и должно овладевать поэтом», чтобы он смог достичь таких высот.
Творчество Марло — титанический порыв, романтическая идеализация мощи, силы, разума. Персонажи его — борцы. Тамерлан, бывший пастух, появляется на сцене в триумфальной колеснице в сопровождении толпы побеждённых им царей. «Мальтийский жид» по имени Варавва борется с целым христианским миром за освобождение своей порабощённой нации и побеждает этот мир единственным доступным ему орудием — золотом. Фауст продаёт душу из-за жажды знаний и стремления владеть миром. Его Фауст, как и Люцифер Мильтона, преклоняется перед мощью разума, дерзновенно нарушает запрещение «вкушать от древа познания». Мечты и желания Фауста у Марло — целая программа экспансии, осуществляемой руками жадных авантюристов, начинавших свою социальную карьеру в Британии. Герои Марло неоднозначны, они вызывали у зрителей одновременно ужас и восхищение. Марло не только восставал против средневекового смирения человека перед силами природы, против средневекового мышления, но он также утверждал, что религия — орудие политики, выдуманное попами для эксплуатации невежественной массы, что пророки были фокусниками и обманщиками. Атеистом в полном смысле этого слова он не был, но с точки зрения того времени его считали опасным вольнодумцем, и преследований и ареста он избежал лишь вследствие своей преждевременной смерти. Его переводы «Элегий» Овидия были признаны «атеистическими» и сожжены палачом по приказу епископа кентерберийского.