Кристофер Паолини родился в Южной Калифорнии в семье учительницы и бывшего литературного агента. Позднее семья переехала в Пэрадайз Велли, штат Монтана.
Кристофер обучался на дому родителями. В детском возрасте писал короткие истории и поэмы, которые стали причиной частых визитов в библиотеку. Рассказывал, что ничего не знает из математики, но прочитал три тысячи книг и наизусть знает весь цикл «Кольцо Нибелунгов». Любит смотреть фильмы из семейной кинотеки. На ночь читает произведения ирландского поэта Шеймаса Хини (Нобелевский лауреат 1995).
27 мая 2011 года Кристофер Паолини был награждён премией Мировых рекордов Гиннеса как самый молодой автор, продавший рекордное количество книг-бестселлеров в мире — Эрагон, Возвращение и Брисингр разошлись в более 25 миллионах экземпляров!
В возрасте пятнадцати лет написал роман «Эрагон» в стиле фэнтези — о мальчике Эрагоне и драконихе Сапфире, которые в союзе с эльфами, гномами и людьми-повстанцами (варденами) противостоят империи, возглавляемой королём Гальбаториксом. Роман был издан на средства родителей Кристофера и приобрёл значительную популярность в школах Монтаны. На него обратил внимание писатель Карл Хиасен, проводивший свой отпуск в этом штате. Он направил книгу своему издателю Альфреду Кнопфу, который в 2003 и опубликовал её.
Только за одну неделю было распродано 250 тысяч экземпляров книги, которая провела 87 недель подряд в списке бестселлеров The New York Times, и 21 месяц в списке бестселлеров Publisher’s Weekly Young Adult Fiction, из них 9 месяцев на первом месте. Роман был опубликован в общей сложности в 37 странах тиражом, превышающим два миллиона экземпляров.
«Эрагон» стал первым романом тетралогии «Наследие». В серию входят книги «Эрагон», «Эрагон. Возвращение», «Эрагон. Брисингр» и «Эрагон. Наследие».
Критики считают, что на молодого автора оказала влияние трилогия Джона Толкиена «Властелин колец», а также другие известные книги в стиле фэнтези. Некоторые рецензенты находят в «Эрагоне» аллюзии и со «Звёздными войнами» Джорджа Лукаса.
Четвёртая книга на английском поступила в продажу 8 ноября 2011 года.
В 2006 году вышел фильм «Эрагон». Жалкое подобие книге.Многие важные моменты убраны или изменены.В нём участвовали Эдвард Спилерс, Джереми Айронс, Сиена Гилори, Гаррет Хэдлунд, Джон Малкович, Роберт Карлайл. Фильм снят по мотивам первой книги. Фильм снимала кинокомпания 20th Century Fox. Планируется продолжение.
Сестра — Анжела Паолини