Выбран на драфте 1993 года под общим 2-м номером командой «Хартфорд Уэйлерс» и отыграл в ней два сезона, после чего перешёл в «Сент-Луис Блюз» за который выступал до сезона 2004—2005. Затем в его карьере были «Эдмонтон Ойлерз» и «Анахайм Дакс» в составе которого он завоевал Кубок Стэнли в сезоне 2006-2007. Крис Пронгер является обладателем Харт Трофи сезона 1999-2000, он стал первым защитником, после Бобби Орра в сезоне 1971-1972, которому достался этот трофей. Также Пронгер является обладателем Джеймс Норрис Трофи и двукратным обладателем НХЛ плюс/минус. 27 июня 2009 года, Пронгер, вместе с нападающим Райаном Динглом, был обменян в «Филадельфию Флайерз» в обмен на форварда Джоффри Лупула и защитника Луку Сбису а также выбор на будущем драфте. 7 июля 2009 года Пронгер подписал семилетний контракт с Филадельфией.
На международной арене Пронгер, в составе сборной Канады, является победителем чемпионата мира 1997 года в Финляндии и победителем зимних Олимпийских игр в Солт Лейк Сити в 2002 году. Эти победы позволили ему войти в тройной золотой клуб.
Пронгер считается одним из самых грубых игроков в НХЛ. В анонимном опросе игроков им задавался вопрос: "Кого вы считаете самым грязным игроком в НХЛ ?" С большим отрывом первое место занял Крис Пронгер (22%), значительно обогнав Шона Эйври (12%) и Александра Овечкина (10%).