В 1609 принимал участие в походе против Москвы. C 1622 по 1624 гг. Збаражский служил послом Речи Посполитой в Османской империи. За 30 000 талеров посольство выкупило попавших в турецкий плен в битве при Цецоре, в том числе Станислава Конецпольского.
Был одним из основателей иезуитской коллегии в Виннице.
Кшиштоф Збаражский был братом Ежи Збаражского, последнего представителя рода Збаражских, умершего в 1631 г.