Эммануэль Коне — воспитанник клуба АСЕК Мимозас. С 2003 года он начал выступать за основной состав команды. Коне выиграл с клубом четыре чемпионата Кот-д’Ивуара, три Кубка Кот-д’Ивуара и три Суперкубка Кот-д’Ивуара.
В феврале 2008 года Коне перешёл в румынский клуб ЧФР Клуж, заплативший за трансфер полузащитника 300 тыс. евро. Однако в сезоне 2007/2008 Коне не провёл за «Клуж» ни одной игры. 29 августа 2008 года Коне дебютировал в чемпионате Румынии с клубом «Политехника»; в том же году он помог команде выиграть Кубок Румынии. В сезоне 2009/2010 Коне играл, на правах аренды, за клуб «Интернационал» (Куртя-де-Арджеш), проведя 29 игр и забив 6 голов.
В составе сборной Кот-д’Ивуара Коне дебютировал 8 июня 2008 года в отборочном турнире к чемпионату мира с командой Мадагаскара, игра завершилась вничью 0:0. В 2010 году Коне играл на Кубке африканских наций и чемпионате мира.