Куниперт был преемником своего отца Бертари. Он воевал с арианскими повстанцами во главе с Алагисом, герцогом Тренто и Брешии, с которым воевал ещё его отец. Но после смерти короля Бертари началось новое восстание. Куниперт потерпел поражение и был сослан на остров на озеро Комо. Алагис вскоре потерял поддержку народа и в 689 году Куниперт вернул себе трон с помощью войск Пьемонта. Решающее сражение произошло возле Коронаты. В этой битве Алагис был убит.
Против Куниперта поднималось немало восстаний, в частности выступление Аусфрида, узурпатора Фриульского, которое было успешно подавлено.
Король Куниперт умер в 700 году. Его преемником стал его сын Лиутперт.