Прошёл срочную службу в Советской армии. Начинал в бизнесе, как организатор и ди-джей дискотек. Один из инициаторов создания баскетбольного клуба «Урал-Грейт» (Пермь), его президент с 1995 года по 2002 год. В 1999 году избран членом исполкома Российской федерации баскетбола, а в декабре 2000 года — вице-президентом РФБ. С 2002 года по 2006 год Кущенко работал генеральным директором профессионального баскетбольного клуба ЦСКА. С 2006 года он является президентом баскетбольного клуба ЦСКА. Приказом Министра обороны РФ от 21 апреля 2006 года Сергей Валентинович Кущенко назначен на должность начальника Федерального государственного учреждения Министерства обороны Российской Федерации «Центральный спортивный клуб Армии». 13 марта 2009 года он написал заявление о переводе на другую работу. С 15 апреля 2009 года Кущенко работает в Центральном аппарате Министерства юстиции Российской Федерации. С 1 июля 2009 года приступил к обязанностям исполнительного директора Союза биатлонистов России (СБР) на общественных началах. 2 сентября 2010 года был избран первым вице-президентом Международного союза биатлонистов (IBU).
Сергей Валентинович имеет свое мнение об игре сборной России по баскетболу. Он выступает против лимита на легионеров и натурализацию иностранных баскетболистов. Сергей Кущенко ратует за пересмотр системы подготовки баскетболистов.
Ордена и знаки
Знак «За заслуги в развитии физической культуры и спорта» 1998 году;
Медаль «200 лет Министерству обороны Российской Федерации» в 2006 году
Орден «Миротворец» Всемирного благотворительного альянса в 2006 году;
Орденом почета в 2007 году
Премии и звания
Звания «Человек года в российском баскетболе» в 1999 году
Лауреат профессиональной премии «Спортивный менеджер года» в 2002 году
Кандидат педагогических наук с 2005 года
Лучший менеджер Европы по версии Евролиги в 2006 году
Лауреат премии РБК «Персона года» в номинации «Современные управленческие решения и привлечение инвестиций в индустрию спорта» в 2006 году
Премия «Крылья успеха» Американской торговой палаты в 2006 году
Член Академии выдающихся спортивных достижений «СЛАВА» в 2007 году