По профессии Юбер Мага был школьным учителем. Будучи выходцем с севера страны и представителем этнической группы бариба, Мага в течение ряда лет являлся признанным политическим лидером севера, пользовавшимся поддержкой тамошних этнических групп, в первую очередь народа сомба, населяющего северо-запад Бенина. В 1951 он организовал и возглавил Этническое объединение Северной Дагомеи (Groupement Ethnique du Nord-Dahomey), отстаивавшее прежде всего региональные интересы. Прежде чем стать президентом независимой республики, Мага занимал пост премьер-министра Дагомеи в течение последнего года французского господства (с 22 мая 1959). Он был также депутатом Французской национальной ассамблеи, нижней палаты парламента Франции.
С 1 августа по 31 декабря 1960 Юбер Мага официально назывался «главой государства», после 31 декабря — Президентом. В первые же месяцы своего правления Мага выделил значительные средства из государственного бюджета на постройку роскошного президентского дворца. Он также ввёл во властные структуры многих выходцев с севера страны. В 1961 Мага переформировал Дагомейское демократическое объединение в Дагомейскую партию единства (Parti Dahom?en de l'Unit?, PDU). Политическая система страны стала по существу однопартийной: членство в PDU было обязательным для любого высокопоставленного госслужащего, при вступлении в должность чиновник должен был подписать заявление об автоматическом вычитании партийных взносов из своего жалованья.
В июне 1963 Мага совершил официальный визит в Республику Гана, где встретился с президентом Кваме Нкрумой. Как было сказано в коммюнике, опубликованном 25 июня в Аккре, два президента «безоговорочно осудили зверства португальцев в Анголе и договорились о необходимости мобилизовать мировое общественное мнение против продолжающихся репрессий португальцев за освобождение народа Анголы от империализма и колониализма». Далее сообщалось, что Нкрума и Мага договорились о необходимости совместных действий независимых африканских государств в целях аннулирования в ближайшее время мандата Южно-Африканской Республики на территорию Юго-Западной Африки.
Одновременно нарастали противоречия среди правящей элиты Дагомеи. Постоянные трения между Магой и другими ведущими дагомейским политиками, такими как Суран Миньян Апити и Жюстин Ахомадегбе, нежелание сторон поступиться своими амбициями, обостряли политическую нестабильность в стране. 1963 год ознаменовался многочисленными забастовками и народными выступлениями против коррумпированного и неэффективного правительства Маги. Недовольство охватило практически всю страну. 28 октября 1963 начальник генерального штаба генерал Кристоф Согло произвёл переворот и учредил временное правительство с собой в качестве председателя. Юбер Мага вынужден был отправиться в изгнание (по некоторым данным, ему пришлось провести некоторое время в тюрьме).
Вернувшись на родину в конце 1960-х, Мага вновь занялся активной общественной и политической деятельностью, по-прежнему опираясь на население северных районов страны. В начале мая 1970 был сформирован триумвират Мага — Ахомадегбе — Апити (т.н. «президентский совет»), каждый из членов которого должен был исполнять обязанности главы государства в течение двух лет, после чего передавать полномочия другому. Хотя согласие между тремя амбициозными лидерами было, как казалось, наконец достигнуто, вражда между этническими группами, интересы которых они представляли, не ослабевала. Мага взял бразды правления в свои руки 7 мая 1970, а ровно два года спустя передал их Жюстину Ахомадегбе. Это была первая мирная и законная передача власти в Бенине с момента обретения независимости, после целого десятилетия путчей и переворотов. Казалось, что схема ротации власти начала работать, однако 26 октября 1972 майор Матьё Кереку устроил коммунистический переворот и отстранил Ахомадегбе от власти. Мага был заключён в тюрьму, откуда вышел только в 1981. После этого он так и не вернулся в большую политику.