Родился в Дерпте в семье врача кронштадтского военного гспиталя — Бернгарда Карловича Кербера. Учился в Петришуле с 1876 по 1879 год. В том же году поступил в Морской корпус и Николаевскую морскую академию и окончил его в 1885 году.
В 1886—1889 гг. участвовал в кругосветном плавании адмирала Макарова на корвете «Витязь». Затем служил на Балтийском море.
В 1897—1900 гг. на крейсере «Россия» вновь совершил переход на Дальний Восток, где находился до окончания Русско-японской войны.
В 1906 г. вернулся на Балтику, командовал минным крейсером «Донской казак», затем канонерской лодкой «Хивинец».
В 1909—1911 гг. был военно-морским агентом в Великобритании, затем командовал линкором «Цесаревич». С 1913 г. начальник штаба Балтийского флота.
В ноябре 1916 г. назначен командующим флотилией Северного Ледовитого океана.
После Февральской революции отстранён от должности и в 1918 г. покинул Россию.
Умер в Лондоне в 1919 году. Могила неизвестна.
В честь Кербера назван мыс в Японском море, исследованный во время плавания корвета «Витязь».