Детство Магдалены прошло в маленькой баварской деревушке Вальгау, в 15 км от Гармиш-Партенкирхена. Заниматься горными лыжами она начала в четырёхлетнем возрасте. Позже, будучи участницей лыжного клуба SC Wallgau, пробовала себя в разных зимних видах спорта. В биатлонную секцию Магдалену привели родители в возрасте девяти лет, где ей сразу же очень понравилось. Уже тогда проявился её талант, но решение серьёзно выступать на спортивном поприще было принято Нойнер лишь в шестнадцатилетнем возрасте, после окончания школы. Результаты на начальных уровнях биатлонной соревновательной иерархии не заставили себя ждать: за первые четыре года выступлений Магдалена завоевала семь высших наград в чемпионатах мира по биатлону среди молодёжи и стала многократной победительницей национальных молодёжных первенств по биатлону в Германии. Первые свои медали с юниорского чемпионата мира Лена добыла ещё в 2004 году, когда одержала победы в эстафете и спринте, а также финишировала второй в гонке преследования. Через год она увезла с аналогичных соревнований ещё три медали: золото в спринте и два серебра (в гонке преследования и эстафете). Юниорский чемпионат мира 2006 года ознаменовался для Нойнер также тремя наградами: двумя золотыми (в преследовании и эстафете) и одной серебряной за выступления в спринте. На своём последнем юниорском мировом чемпионате в 2007 году Нойнер вновь одержала победы в спринте и гонке преследования. Эти успехи открыли ей дорогу во второй по важности эшелон мирового биатлона — Кубок Европы по биатлону. В сезоне 2005/2006 гг. Магдалена одержала победы в трёх гонках и заняла итоговое пятое место в общем зачёте. Столь значимые результаты позволили главному тренеру немецкой национальной команды Уве Мюссигангу включить Нойнер в состав основной национальной сборной для участия в Кубке мира.
Дебют Магдалены Нойнер в Кубке мира состоялся 13 января 2006 года, где она, выступая в качестве резервистки, заменила временно выбывшую из строя Уши Дизль. Первая гонка, спринт в немецком Рупольдинге, оказалась для неё неудачной — 41-ое итоговое место без зачётных очков в общем зачёте Кубка мира. Но несколько недель спустя, 16 марта 2006 года, в финском Контиолахти Магдалена сумела финишировать четвёртой.
Первая победа в рамках Кубка мира была одержана Нойнер уже в следующем году. 5 января 2007 года Магдалене не было равных в спринте на 7,5 км. Чуть позднее пришли и первые победы на чемпионате мира — в Антерсельве Нойнер показала выдающиеся результаты, одержав индивидуальные победы в спринте и гонке преследования, а в составе эстафетной команды взяв третье для себя «золото». Таким образом, Нойнер стала самой молодой трёхкратной чемпионкой мира по биатлону в истории. Как результат, в начале 2007 года в Германии Магдалена Нойнер была признана лучшей спортсменкой в зимних видах спорта по итогам сезона и вошла в признанную лучшей спортивную команду (женская немецкая биатлонная команда). В конце 2007 года немецкие спортивные журналисты выбрали её лучшей спортсменкой года в Германии.
Следующий сезон принёс Магдалене ещё три высших награды чемпионата мира (в Эстерсунде ей не было равных в гонке с общего старта, а немецким эстафетным командам — в эстафете и миксте), победу в общем зачёте Кубка мира и два Малых хрустальных глобуса (в спринтерских гонках и гонках с общего старта).
Сезон 2008/2009 стал для Нойнер не таким успешным, как предыдущие. Несмотря на то, что Магдалена по итогам сезона завоевала очередной для себя Малый хрустальный глобус (на сей раз — в индивидуальных гонках), ей не удалось завоевать ни одной личной награды на пхёнчханском чемпионате мира, равно как и добиться значимых успехов в Кубке мира — по итогам сезона Лена осталось за чертой призёров общего зачёта.
Олимпийский сезон 2009/2010 на настоящий момент, несомненно, стал для Магдалены самым удачным годом в спортивной карьере. Дебютная для неё Олимпиада, проходившая в феврале 2010 года в Ванкувере, принесла Нойнер сразу три награды и титул двукратной олимпийской чемпионки — на трассах Олимпийского парка Уистлера Нойнер не было равных в гонке преследования и гонке с общего старта, спринтерская же гонка принесла ей серебряную олимпийскую медаль. Помимо этого, Магдалена, как и в 2008 году, одержала победу в общем зачёте Кубка мира, став двукратной обладательницей Большого хрустального глобуса, а также добавила в свою коллекцию наград и два Малых хрустальных глобуса — на сей раз в зачёте гонок преследования и гонок с общего старта. Завершением триумфального для Нойнер сезона стала победа в смешанной эстафете на чемпионате мира, сделавшая Магдалену семикратной чемпионкой мира.
6 декабря 2011 года Магдалена Нойнер на официальной пресс-конференции в австрийском Леоганге объявила о том, что завершит карьеру после сезона 2011—2012.
XXI зимние Олимпийские игры, проходившие с 12 по 28 февраля 2010 года в канадском в Ванкувере, стали для Магдалены первыми в карьере.
В дебютной для себя олимпийской гонке — спринте на 7,5 километров Магдалена, лидируя по ходу дистанции, имела все шансы на победу. Но промах, допущенный на втором огневом рубеже, стал фатальным. Время, затраченное на прохождение штрафного круга, отсрочило олимпийский триумф Нойнер, уступившей в итоге представительнице Словакии Анастасии Кузьминой секунду и пять десятых. Итогом гонки для Магдалены стала серебряная олимпийская медаль.
Высокая позиция в спринте позволила Нойнер ещё до старта гонки преследования быть в числе её основных фаворитов. Прогнозы специалистов оправдали себя — допустив два промаха на четырёх огневых рубежах Нойнер опередила Кузьмину, стартовавшую с первой позиции, и завоевала золотую медаль и звание олимпийской чемпионки.
Повторить свой олимпийский триумф Магдалене удалось уже через пять дней — вторая победа в Олимпийском парке Уистлера была одержана ей в рамках гонки с общего старта. Блестящая лыжная подготовка и безошибочная стрельба на заключительном огневом рубеже позволили Нойнер, не входившей по ходу гонки в группу лидеров, обогнать на финишном отрезке представительницу сборной команды России Ольгу Зайцеву и соотечественницу Симону Хаусвальд и завоевать второе олимпийское «золото» в карьере. Практически никто не сомневался, что завоевав три индивидуальные медали, Магдалена обеспечила себе место в эстафетной команде. Однако, Нойнер неожиданно отказалась от участия в олимпийской эстафете в пользу завершающей спортивную карьеру Мартины Бек, предоставив той шанс завоевать в рамках последней для себя Олимпиады хотя бы одну медаль. Так или иначе, триумфальное выступление Нойнер не было оставлено без внимания со стороны Национального олимпийского комитета Германии, удостоившего Магдалену высокой чести выступать в качестве знаменосца национальной сборной на церемонии закрытия Олимпиады.
Примечания:
По результатам Кубка мира, состоявшего из девяти этапов (включая чемпионат мира в итальянской Антхольц-Антерсельве) Магдалена, набрав 720 очков, заняла 4 место в общем зачёте. Отставание от обладательницы Кубка мира Андреи Хенкель составило 150 очков, от занявшей третье место Анны-Карин Олофссон — 140 очков.
Первый полный сезон в Кубке мира сложился для Магдалены более чем удачно, хотя его начало и казалось невыразительным: единственным успехом до начала «золотой классики» (этапов в Оберхофе, Рупольдинге и Антхольц-Антерсельва) была серебряная медаль, завоёванная Нойнер в составе эстафетной команды в австрийском Хохфильцене. Несмотря на то, что перед стартом чемпионата мира Магдалене удалось одержать первую в карьере победу в спринтерской гонке, проходившей в немецком Оберхофе, никто из специалистов не рассматривал Нойнер в качестве претендентки на борьбу за награды. Однако, вопреки всем прогнозам, итальянский чемпионат мира Магдалена завершила в ранге самой молодой трёхкратной чемпионки мира, одержав личные победы в спринтерской гонке и гонке преследования, а помимо этого — третью победу в составе женской эстафетной команды. Череда побед продолжилась и после завершения мирового форума, однако, нестабильная стрельба и уверенное выступление соперниц не позволили ей подняться выше четвёртого места в общем зачёте Кубка мира, хотя продемонстрированный Нойнер потенциал не оставлял сомнения в её способности в дальнейшем бороться за куда более высокие места и самые серьёзные титулы.
По результатам очередного розыгрыша Кубка мира, состоявшего из 10 этапов (включая чемпионат мира в шведском Эстерсунде), Магдалене Нойнер удалось, набрав 818 очков, занять первое место в общем зачёте и завоевать титул обладательницы Кубка мира. Её превосходство над ближайшим преследователем, Сандрин Байи, составило 13 очков.
В целом для спортсменки сезон выдался неровным, хотя ещё до его начала некоторые спортивные комментаторы и журналисты сомневались в способности Магдалены закрепить достигнутые годом ранее успехи, ссылаясь на «синдром второго года» у ярко проявивших себя новичков и болезнь Нойнер во время предсезонной подготовки. Первые этапы действительно не принесли Нойнер призовых мест, однако позволили набрать существенное количество призовых очков как в общем зачёте Кубка Мира, так и в отдельных его дисциплинах. Начиная с этапа в словенской Поклюке, результаты Магдалены существенно улучшились: ей удалось несколько раз финишировать в тройке сильнейших как в личных, так и в командных гонках. Первой индивидуальной победой Магдалены в сезоне 2007/2008 гг. стала победа в гонке с общего старта на домашнем этапе в Оберхофе, где она с весьма значительным преимуществом финишировала с флагом Германии в руках. Продолжилась череда побед и на чемпионате мира, проходившем в этом сезоне в шведском Эстерсунде. Даже несмотря на то, что начало мирового биатлонного форума было для Магдалены обескураживающим — в день своего рождения, уверенно лидируя в спринтерской гонке, она допустила три промаха на заключительном огневом рубеже и в итоге оказалась далеко за чертой призёров, в дальнейшем Магдалене удалось одержать победу в гонке с общего старта, а также внести свой значительный вклад в победу сборных команд Германии в женской и смешанной эстафетах. Таким образом, второй для себя чемпионат мира в карьере Магдалена завершила уже в ранге шестикратной чемпионки мира. Удачное выступление на этапе в Ханты-Мансийске позволило Нойнер возглавить общий зачёт Кубка мира, а также досрочно одержать победу в розыгрыше Малого Кубка мира по результатам гонок с общего старта. Несмотря на посредственные результаты, показанные Магдаленой в заключительных гонках на этапе в норвежском Холменколлене, ей удалось одержать победу не только в розыгрыше Малого Кубка мира по результатам спринтерских гонок, но и победу в общем зачёте, поскольку её главные соперницы Андреа Хенкель и Сандрин Байи выступили ещё хуже.
По результатам Кубка мира по биатлону 2008/2009 (включая чемпионат мира в южнокорейском Пхёнчхане) Магдалена Нойнер заняла 4 место в общем зачёте, набрав 891 очко. Отставание от обладательницы Большого хрустального глобуса Хелены Юнссон и занявшей второе место с тем же количеством очков (952) Кати Вильхельм (Юнссон стала обладательницей Кубка мира по результатам сравнения дополнительных показателей) составило 61 очко, а от занявшей третье место Туры Бергер — 3 очка. Кроме того, по итогам сезона Нойнер стала обладательницей Малого Кубка мира в зачёте индивидуальных гонок.
Первый этап в сезоне, проходивший в шведском Эстерсунде, Магдалена вынуждена была пропустить из-за болезни , поэтому отчёт её выступлений ведётся со второго этапа, проходившего в австрийском Хохфильцене. Выступление Магдалены в Австрии нельзя признать удачными — спринт и проходившая по его итогам гонка преследования принесли Нойнер 29 и 28 места соответственно.
Третий этап, который прошёл в словенском местечке Поклюка принёс Магдалене первые в сезоне подиумы — 3-е место в спринте и 2-е в гонке преследования. В индивидуальной гонке Нойнер не смогла финишировать в десятке лучших, заняв 18-е место.
Следующий этап, проходивший в немецком Оберхофе, Нойнер вновь была вынуждена пропустить из-за травмы спины, полученной ей на разминке перед первой гонкой.
На втором «домашнем» этапе, проходившем на сей раз в Рупольдинге, Магдалена смогла дважды (в спринте и в гонке с общего старта) взойти на третью строчку пьедестала почёта. Однако, положительные впечатления от выступления Нойнер на родной земле были смазаны эстафетным провалом.
Последний предолимпийский шестой этап на высокогорье, в итальянской Антхольц-Антерсельве, стал для Магдалены триумфальным. В индивидуальной гонке она впервые в сезоне взошла на высшую ступень пьедестала почёта, что стало и её первой победой в карьере в данном виде гонок. Лена показала великолепную лыжную подготовку, и несмотря на 3 штрафные минуты, пришла к финишу первой. В спринтерской гонке она вновь продемонстрировала отличную лыжную подготовку и допустив один промах снова опередила всех конкуренток, оформив тем самым свою 16-ю индивидуальную победу на этапах Кубка мира. В состоявшейся по результатам спринта гонке преследования у Нойнер был шанс оформить на этапе хет-трик, но промах на последнем огневом рубеже позволил её подруге по команде Андреа Хенкель опередить Лену и одержать победу.
Высокие позиции Нойнер (5-е место в спринте и 2-е в гонке преследования) на этапе в финском местечке Контиолахти, стартовавшем чуть менее, чем через две недели после завершения Олимпиады, позволили ей довести отрыв от главной соперницы в борьбе за Большой хрустальный глобус, шведки Хелены Юнссон до 32 очков и упрочить своё лидерство в общем зачёте Кубка мира.
На предпоследнем в сезоне этапе, проходившем в норвежском Хольменколлене, Нойнер был завоёван четвёртый в карьере Малый хрустальный глобус (на сей раз — в зачёте гонок преследования). Кроме этого Магдалена в третий раз за сезон поднялась на пьедестал почёта в гонке с общего старта. Перед заключительным этапом отрыв Лены от ближайшей преследовательницы в общем зачёте, соотечественницы Сими Хаусвальд, обошедшей за счёт трёх побед на этапе Хелену Юнссон, составлял 42 очка.
На заключительном этапе сезона, проходившем в Ханты-Мансийске, Магдалена в очередной раз одержала победу в гонке общего старта, что позволило завоевать ей не только второй в сезоне Малый хрустальный глобус, но и набрав 933 очка оформить вторую для себя итоговую победу в общем зачёте Кубка мира. Помимо этого Нойнер, в составе сборной команды Германии, стала победительницей в смешанной эстафете, проходившей на данном этапе в рамках чемпионата мира.
Результат: 5-е место, 952 очка (1-е место — Кайса Мякяряйнен 1005 очков).
Как и год назад, Нойнер пришлось отказаться от участия в первом этапе Кубка мира, вновь проходившем в шведском Эстерсунде, из-за инфекционного заболевания, подхваченного ей во время сбора национальной сборной Германии. Дебют Магдалены вновь состоялся на австрийском этапе в Хохфильцене, где ей в составе женской эстафетной команды удалось одержать десятую в карьере командную победу. Спринт и состоявшаяся по его итогам гонка преследования принесли Нойнер два седьмых места.
Юбилейная, двадцатая в карьере индивидуальная победа на этапах Кубка мира была одержана Магдаленой уже в словенской Поклюке — несмотря на два промаха ей не было равных в спринтерской гонке.
Вопреки ожиданиям, январские этапы «золотой классики», прошедшие как обычно в Оберхофе, Рупольдинге и Антхольц-Антерсельве не принесли Нойнер побед — по их итогам она довольствовалась лишь вторым и третьим местами в спринтерских гонках на домашних этапах. Кроме того, из-за простуды Магдалена не смогла принять участие в итальянском спринте и была отброшена ещё дальше от лидеров общего зачёта.
Поправить своё турнирное положение Магдалене удалось уже на последнем перед стартом чемпионата мира этапе, проходившем в американском Форт-Кенте, где ей по итогам трёх гонок впервые в сезоне удалось собрать полную коллекцию наград, одержав при этом шестую в карьере победу в гонке с общего старта.
Первый же этап нового сезона, уже по традиции проводящийся в шведском Эстерсунде, вопреки тенденции прошлых лет принёс Магдалене не только двадцать пятую личную победу в карьере (опередив на 0,2 секунды норвежку Туру Бергер, Нойнер выиграла спринтерскую гонку) но и лидерство в общем зачёте Кубка мира — в трёх гонках, проведённых в рамках стартового этапа Магдалене удалось трижды взойти на подиум, завоевав «бронзу» в индивидуальной гонке и гонке преследования.
В точности повторить высокие результаты, показанные в Швеции, Магдалене удалось и в Хохфильцене. Победа в спринте и третье место в гонке преследования позволили Нойнер упрочить лидерство в общем зачёте Кубка мира.
Четвертый этап, уже традиционно проводившийся сразу после новогодних праздников в немецком Оберхофе, сложился для Магдалены крайне удачно — победы в спринтерской гонке и гонке с общего старта позволили Нойнер не только реабилитироваться перед немецкими болельщиками за откровенный провал эстафеты днями ранее, но и увеличить отрыв от ближайших преследовательниц в общем зачёте до 39 очков.
Дважды взойти на подиум Магдалене удалось и в чешском Нове-Место — индивидуальную и спринтерскую гонки она завершила с третьим итоговым результатом. Гонка же преследования в первую очередь запомнится поклонникам Нойнер благодаря нелепейшей ошибке, допущенной ей на третьем огневом рубеже — лидируя по ходу гонки Магдалена заняла позицию для стрельбы напротив первой стрелковой установки, однако огонь открыла по второй. Заметив свою ошибку лишь после четырёх удачных выстрелов, Нойнер последним патроном поразила уже «свою» мишень, но в соответствии с правилами соревнований отправилась на четыре штрафных круга, заняв по итогам гонки лишь 7 место.
Магдалена Нойнер родилась в небольшом баварском городе Гармиш-Партенкирхен в семье банковского служащего Пауля Нойнера и его жены Маргит (Paul, Margit Neuner) . У Магдалены есть старший брат Пауль и младшие брат и сестра, Кристоф и Анна; последняя — начинающая биатлонистка — уже участвует в юношеских соревнования в составе Bavarian Ski Association
Магдалена выросла в маленьком баварском городке Вальгау (примерно в 15 км от Гармиш-Партенкирхена), где живёт и сейчас (2012).
Магдалена увлекается вязанием и это часто упоминалось в СМИ. Она ведет блог, посвящённый вязанию. Также она увлекается музыкой (игрой на арфе).
В феврале 2007 года Нойнер отвергла предложение журнала Playboy. В июне 2010 года Магдалена приняла участие в рекламной кампании нижнего белья марки Mey
В декабре 2009 Нойнер сообщила о своих романтических отношениях с Йозефом Хольцером (Josef Holzer), бывшим школьным другом. Йозеф простой плотник, живёт в Вальгау.