Мэри Тодд родилась в 1818 году в Лексингтоне, штат Кентукки в состоятельной аристократической семье. Её мать скончалась в 1825 году, после чего отец женился вторично. В 1839 году Мэри переехала в Спрингфилд, штат Иллинойс. На новом месте жительства она вращалась в довольно высоких кругах и была объектом ухаживания молодого преуспевающего политика Стивена Дугласа. Однако вскоре внимание Мэри Тодд привлёк простой юрист Авраам Линкольн. Они встречались два года и, наконец, поженились 4 ноября 1842.
У семейной пары было четверо сыновей: Роберт Тодд Линкольн (1843—1926), Эдвард Бэйкер Линкольн (1846—1850), Уильям Уоллес Линкольн (1850—1862) и Томас Линкольн (1853—1871). Из четырёх детей лишь старший из них, Роберт Линкольн (юрист и политик), пережил свою мать.
В 1861 году Авраам Линкольн вступил в должность президента США. В качестве первой леди Мэри потратила много времени на модернизацию Белого дома. Также во время Гражданской войны она часто предпринимала поездки по госпиталям, где навещала раненых солдат. Мэри Линкольн выступала против рабства и всячески поддерживала политику своего мужа в отношении сохранения союза.
Спустя пять дней после окончания войны, 14 апреля 1865 года, Авраам Линкольн был застрелен на спектакле в театре Форда. Супруга, находившаяся рядом с мужем во время представления, так и не смогла оправиться после трагедии и вскоре совершенно потеряла рассудок. В 1875 году сын Роберт вынужден был поместить её в психиатрическую клинику. Остаток жизни Мэри Линкольн провела во Франции. Скончалась она в 1882 году в возрасте 63 лет.