Родился в семье состоятельного специалиста по меховому делу, потомок строителя железных дорог Петра Ионовича Губонина.
Учился в Московском художественном училище на живописном отделении. Часто посещал богослужения в храмах Москвы, в особенности Сретенского монастыря на Лубянке; тесно подружился с иеромонахом Иеронимом (Захаровым) (впоследствии епископ Ростовский). Был иподиаконом епископа Коломенским Петра (Руднева), последнего настоятеля Богоявленского монастыря и последним благочинным монастырей Москвы, а также поддерживал отношения с епископом Гомельским Тихоном (Шараповым), которые находились в церковно-политической орбите настоятеля Данилова монастыря архиепископа Феодора (Поздеевского) .
С детства был близко знаком с будущим Патриархом Пименом (Извековым), с которым они вместе росли.
По окончании Московского художественного училища, с 1928 года работал в различных издательствах. Был арестован и 15 мая 1930 года; Особым Совещанием при Коллегии ОГПУ СССР приговорен по статье 58-10 УК РСФСР к трехлетней ссылке в Среднюю Азию (реабилитирован 4 марта 1940 года по Постановлению Особого Совещания НКВД СССР). Ссылку отбывал в Шахрисябзе и Термезе, а затем в Бек-Буди Узбекистан. 15 мая 1933 года был освобождён с ограничением места жительства (зона 101 км от Москвы).
В 1938 году женился на Клавдии Петровне Мироновой — ведущей хористке руководимого Александром Свешниковым хора, которая также пела в церковном хоре: вначале Богоявленского собора в Дорогомилове, позже — в кафедральном Богоявленском соборе в Елохове, в патриаршем хоре под управлением Виктора Комарова.
22 июля 1941 года был призван на военную службу; войну закончил в звании гвардии старшего лейтенанта с тремя орденами и пятью медалями.
В 1946 году лишился жены. Спустя два года женился на сестре покойной жены Зое Петровне Мироновой (Губониной), которая после кончины М.Е.Губонина стала хранительницей его архива.
В конце 1947 года был привлечён к работ над созданием сени над ракой мощей святителя Алексия Московского в Богоявленском соборе: выполнил рисунки резьбы по дереву. С 1948 года работал над реставрацией и росписью храмов в Москве и других городах (Куйбышев, Астрахань и т.д.). Получал заказы на изготовление различных предметов лично от Патриарха Алексия (Симанского). В частности, изготовил Патриаший куколь для интронизации последнего.
В 1961—1967 годы работал художником на кондитерской фабрике «Красный Октябрь». Автор этикеток к какао и шоколаду «Золотой ярлык», конфетам «Вишня в шоколаде», «Садко», «Ну-ка, отними!», «Красная шапочка» и др. Автор классической этикетки «Советского шампанского».
В половине 1960-х годов начал сотрудничать с Издательским отделом Московской Патриархии. Был автором дизайна обложки Журнала Московской Патриархии (дизайн использовался вплоть до 1990-х годов).
Составил многотомный труд, посвященный Патриарху Тихону (Беллавину) и истории Русской Церкви (общий объём архива — около 14 тысяч страниц машинописного текста), а также продолжение труда Павла Строева — епархиальные списки иерахов Российской церкви.
На основе собранных им материалов в 1994 году вышла книга «Акты Святейшего Тихона, Патриарха Московского и всея России, позднейшие документы и переписка о каноническом преемстве высшей церковной власти»; книга сразу «стала одним из самых цитируемых церковно-исторических изданий и одновременно — образцом подлинно церковного исторического труда».
Скончался 9 октября 1971 года; похоронен в Москве на Долгопрудненском кладбище (уч. 105).
Посмертно изданы: