Став патриархом, Кируларий хотел получить еще более высокий чин. О нем говорили как о высокомерном, самонадеянном и непреклонном человеке, который вел себя так, «словно он бог, идущий по небу». Он отстаивал независимость византийской церкви от императорской власти от папства. Желая получить больше власти, Кируларий стал предпринимать действия, приведшие в 1054 году к расколу с папой римским.
Конфликт в 1054 году между Михаилом Кируларием и папством (когда он и римский легат кардинал Гумберт предали друг друга анафеме) — важнейший этап разделения церквей; с этого времени традиционно считается независимое существование католицизма и православия.
Он заставил императора согласиться с этим расколом. Довольный своей победой, Кируларий организовал восшествие на трон Михаила VI и помог ему укрепиться у власти. А через год Кируларий заставил нового императора уйти с престола и поставил вместо него Исаака I Комнина (около 1005—1061).
Конфликт между патриархией и империей обострялся. Кируларий, уверенный в поддержке общества, сыпал угрозами, выдвигал требования и прибегал к насилию. Один историк того времени заметил, что он публично предсказывал падение императора, вёл себя вызывающе и пренебрежительно. Однако Исаак Комнин арестовал его, посадил в тюрьму и сослал на остров Имброс.
Из-за столкновения с византийским императором Исааком I, конфисковавшим часть монастырских земель, Михаил Кируларий был в конце 1058 года смещён и сослан. Скончался зимой на море, в бурю, по дороге в ссылку, в результате крушения корабля.