Михаил Николаевич Харузин родился в купеческой семье. Его братьями были Н.Н. Харузин, А.Н. Харузин, сестра В.Н. Харузина.
После получения среднего образования в Ревельской губернии поступает в МГУ (1881), на юридический факультет, который с отличием заканчивает. Уже в это время будущий этнограф интересуется местными народами, так в 1883 году выходит его работа "Очерки юридического быта народностей Сарапульского уезда Вятской губернии".
В этом же году М.Н. Харузин совершает поездку в область Войска Донского, результатом чего явился капитальный труд «Сведения о казацких общинах на Дону»(1887), который былбыл принят юридическим факультетом МГУ, как кандидатская диссертация.
Работая секретарём в университете М.Н. Харузин составляет программу по собиранию обычаев связанных с народным правом ( «Программа для собирания народных юридических обычаев» 1887).
В июле 1887 года Михаил Николаевич Харузин сложил с себя звание секретаря отдела этнографии при Московском университете и отправился в Ревель, где поступает на службу чиновником особых поручений при эстляндском губернаторе. Здесь он изучает историю и этнографию края, занимается сбором архивных документов, которые печатает в «Эстляндских Губернских Ведомостях».
Умер этнограф 25 сентября 1888 года от тифа, похоронен на Новодевичьем кладбище в Москве.