М. С. Фомин родился 25 сентября 1923 года в посёлке Бондюжский (Бондюга, Бондюжск) Елабужского района Татарской АССР (ныне город Менделеевск в Татарстане) в рабочей семье. По национальности русский. По окончании средней школы работал на заводе в пожарной охране.
В Красной Армии с 1942, с этого же года на фронтах Великой Отечественной войны.
Указом Президиума Верховного Совета СССР от 7 августа 1943 года за образцовое выполнение боевых заданий командования на фронте борьбы в немецкими захватчиками и проявленные при этом отвагу и геройство наводчику орудия 159-го гвардейского артполка 75-й гвардейской дивизии гвардии сержанту Фомину Михаилу Сергеевичу присвоено звание Героя Советского Союза.
Гвардии старшина Малафеев В.А. был награжден орденом Ленина .
Фомин М.С. похоронен в селе Нижнесмородино , Поныровский район Курской области.