Митрофан Павлович Щепкин родился в семье математика Павла Степановича Щепкина.
Образование получил в Московском университете, где в 1854 году окончил историко-филологический факультет.
В 1859 году был назначен помощником редактора газеты «Московские ведомости», а после ухода из редакции Евгения Фёдоровича Корша — редактором, до перехода газеты к Михаилу Никифоровичу Каткову.
С 1865 по 1870 год был профессором политической экономии в Петровской земледельческой академии. В 1870 году вместе с профессором М. В. Неручевым им была основана газета «Русская Летопись», в третьем номере которой был напечатан некролог «А. И. Герцен». Результатом явилось закрытие газеты и отставка М. П. Щепкина с кафедры политэкономии.
Стал известен как выдающийся деятель московского городского общественного управления, в котором принимал участие в течение 30 лет, всегда являясь горячим защитником интересов самоуправления и знатоком городского хозяйства. Последнему посвящена большая часть его печатных трудов.
Первые статьи М. П. Щепкина по вопросам статистики и политической экономии появились в «Русском вестнике» (1856), «Атенее» и «Московских ведомостях». Впоследствии он печатал свои статьи в «Петербургских ведомостях», «Русской летописи», «Земстве», «Руси» и других изданиях.
В 1870-х гг. писал под псевдонимом Эм-Пэ. Большая часть его статей по городскому хозяйству появлялась в «Русских ведомостях».
Выйдя из состава московской думы перед введением нового городового положения 1892 года, он в качестве губернского гласного принимал деятельное участие в московском земстве.
С 1895 года по его инициативе и под его редакцией выходила издававшаяся К. Т. Солдатенковым «Библиотека экономистов» (произведения А.Смита, Д.Рикардо, Дж.Милля, Д.Юма — 11 выпусков).
Сын Дмитрий также стал писателем и публицистом написав множество работ по истории Московского университета.
Митрофан Павлович Щепкин скончался в 1908 году в России. Похоронен в Москве на Донском кладбище.
и много переводов.