Главнокомандующий вооружёнными силами Демократической Республики Конго Мобуту пришёл к власти 24 ноября 1965 года после государственного переворота и стал диктатором. Он изменил название страны с Конго на Заир (1971). Период правления Мобуту характеризуется крайне низким уровнем жизни населения, коррупцией и клептократией.
Жозеф-Дезире Мобуту родился в городе Лисала в Бельгийском Конго. Этнически Мобуту принадлежал к народу нгбанди. Ребёнком его усыновил повар бельгийских миссионеров, и Мобуту получил возможность учиться в миссионерской школе.
30 июня 1960 года было сформировано первое в истории правительство Демократической Республики Конго, которое возглавил Лумумба (президентом страны стал Жозеф Касавубу). Мобуту был сначала назначен госсекретарём, затем в том же году получил звание полковника и должность начальника генштаба конголезской армии.
14 сентября 1960 борьба за власть между Лумумбой и Касавубу завершилась военным переворотом в пользу президента страны. Мобуту был активным участником переворота и остался на своей должности. С 1961 Мобуту главнокомандующий вооружёнными силами.
29 октября 1965 года президент Демократической Республики Конго (ДРК) Ж.Касавубу объявил о смещении М.Чомбе с поста премьер-министра, но предложенный им состав нового правительства был дважды не утверждён парламентом. Ни Касавубу, ни Чомбе не обладали необходимой полнотой власти. В этих условиях парламент ДРК 24 ноября 1965 года объявил об отстранении от власти президента Ж.Касавубу и передал всю полноту власти главнокомандующему вооруженными силами генералу Мобуту, назначив его президентом страны. В поддержку Мобуту выступили Ж.Касавубу, М.Чомбе, Ж.Илео, С.Адула, которые были включены в состав консультативного Государственного совета.
В мае 1967 года Мобуту создал новую политическую партию — Народное движение революции (в мае 1970 года в конституцию страны внесена поправка об установлении однопартийной системы).
В июне 1967 года была принята новая конституция Конго, в соответствии с которой страна была преобразована из федеративного в унитарное государство (число провинций было сокращено с 21 до 8), установлена президентская форма правления.
27 октября 1971 года Демократическая Республика Конго была переименована в Республику Заир.
Контроля над экономикой Мобуту добился, национализировав крупнейшие предприятия страны, в том числе компанию по добыче меди «Юнион Миньер дю О-Катанга». В 1967 году Мобуту подавил мятеж оппозиции, в 1970 — переизбрался на пост президента, будучи единственным кандидатом на выборах.
В 1971 году Мобуту переименовал Конго в Заир, а столицу Леопольдвиль — в Киншасу. Были приняты новый флаг и герб. На следующий год была провозглашена кампания «подлинного заирского национализма». Жителям страны было предписано называть детей исконными африканскими именами, а священникам под страхом тюремного заключения было запрещено крестить детей под христианскими именами.
Глава государства сам подал пример и в 1972 сменил своё имя на Мобуту Сесе Секо Куку Нгбенду ва за Банга, что в переводе означает «Всемогущий воин, который, благодаря своей твёрдости и железной воле, идёт от победы к победе, сжигая всё на своём пути».
Жителям страны было запрещено носить пиджаки, европейские рубашки и галстуки, а нарушителям приходилось платить немалый штраф. Рекомендовалось одеваться в абакосты — традиционные африканские туники (при этом их название «абакост» было сокращением французского лозунга «Долой костюм!» — фр. A bas le costume!). Запоминающейся деталью костюма самого президента стала шапочка из леопардовой шкуры (мех леопарда традиционно носили только вожди).
С самого начала своего правления Мобуту начал целенаправленно уничтожать своих политических оппонентов. Президент был научен опытом своих предшественников и хорошо знал, что для того, чтобы удержаться у власти, ему придётся применить жёсткие меры.
В 1966 году сразу несколько крупных политических деятелей, включая бывшего председателя правительства Эваристе Кимба и ещё трёх экс-министров, были повешены. Стоит заметить, что, в отличие от других диктаторов, Мобуту не стеснялся проводить наказания публично: к примеру, за упомянутой выше казнью наблюдало 50 000 человек. В 1968 году министр образования в правительстве Лумумбы Пьер Мулеле вернулся в Заир из эмиграции в обмен на обещание о помиловании. Однако по прибытии Мулеле был жестоко убит войсками Мобуту.
Впоследствии Мобуту перешёл к другой тактике: вместо физического устранения оппонентов он стал применять подкуп.
На протяжении всего правления Мобуту ему приходилось неоднократно подавлять мятежи и восстания, причём в этом ему часто помогали из-за рубежа. К примеру, в 1977 году военную помощь предоставила Франция, в 1978 году, когда заирские войска едва не потерпели поражение, — Бельгия, Франция и Китай.
Международное сообщество неоднократно предпринимало попытки либерализовать политическую систему Заира, но эти попытки проваливались из-за сопротивления со стороны Мобуту и его окружения.
В 1980 году группа депутатов заирского парламента вышла из состава Народного Движения Революции и в 1982 году, несмотря на запрет на политические объединения, основала оппозиционную партию — Союз за Демократию и Социальный Прогресс.
В 1990 году Мобуту объявил о возобновлении многопартийной системы. Однако, почувствовав, что теряет власть, в 1992 году он отменил решение Независимой национальной конференции о лишении президента власти, а в 1993 году провёл репрессии своих оппонентов.
Как и многие другие диктаторы, Мобуту был при жизни возведён в статус практически полубога. Его называли «отцом народа», «спасителем нации». Его портреты висели в большинстве общественных учреждений; члены парламента и правительства носили значки с портретом президента. В заставке вечерних новостей Мобуту каждый день появлялся сидящим на небесах. На каждой банкноте также был изображён президент.
В честь Мобуту было переименовано озеро Альберт (1973), с XIX века носившее имя мужа королевы Виктории. Лишь часть акватории этого озера принадлежала Заиру; в Уганде использовалось старое название, однако в СССР переименование было признано, и во всех справочниках и картах значилось озеро Мобуту-Сесе-Секо. После свержения Мобуту в 1997 году было восстановлено прежнее название.
Правление Мобуту вошло в историю как одно из самых коррумпированных в двадцатом веке. Процветало взяточничество и казнокрадство (в личных целях один из дипломатов использовал даже посольство Заира в Японии). У самого президента было несколько дворцов в Киншасе и других городах страны, целый автопарк «Мерседесов» и личный капитал в швейцарских банках, который к 1984 году составлял приблизительно 5 миллиардов долларов (на тот момент эта сумма была сравнима с внешним долгом страны).
Всё это привело к тому, что экономическая и социальная инфраструктуры страны были почти полностью разрушены. Заработная плата задерживалась на месяцы, количество голодающих и безработных достигло небывалых размеров, на высоком уровне находилась инфляция. Единственной профессией, гарантировавшей стабильный высокий заработок, была профессия военного: армия была опорой режима.
В 1975 году в Заире начался экономический кризис, в 1989 году был объявлен дефолт: государство оказалось не в состоянии выплатить внешний долг. При Мобуту были введены социальные пособия многодетным семьям, инвалидам и т. д., но из-за высокой инфляции эти пособия быстро обесценились.
Во время холодной войны Мобуту вёл скорее прозападную внешнюю политику, в частности, поддерживая антикоммунистических повстанцев Анголы. Однако нельзя сказать, что отношения Заира с социалистическими странами были враждебными: Мобуту был другом румынского диктатора Николае Чаушеску, установил хорошие отношения с Китаем и Северной Кореей, а Советскому Союзу позволил построить в Киншасе посольство. Из стран Африки Мобуту враждовал с Ливией и Замбией, имея хорошие отношения с Марокко.
При Мобуту Заир не входил в политические и военные блоки и был членом движения неприсоединения. Официально одним из принципов заирского национализма («подлинности») был лозунг: «Ни вправо, ни влево, а только движение в собственном направлении». После окончания холодной войны отношения между Заиром и США испортились, и Мобуту даже был объявлен в Соединённых Штатах персоной нон грата.
В середине 1990-х годов в Руанде начался массовый геноцид, и несколько сотен тысяч человек бежали в Заир. Мобуту отправил в восточные районы страны правительственные войска, чтобы изгнать оттуда беженцев, а заодно и народность тутси (в 1996 году этому народу было приказано покинуть страну). Эти действия вызвали массовое недовольство в стране, и в октябре 1996 тутси подняли восстание против режима Мобуту. Вместе с другими повстанцами они объединились в Альянс Демократических Сил за Освобождение Конго. Возглавил организацию Лоран Кабила, поддержку оказывали правительства Уганды и Руанды.
Правительственные войска ничего не могли противопоставить повстанцам, и в мае 1997 года войска оппозиции вошли в Киншасу. Мобуту бежал из страны, снова переименованной в Демократическую Республику Конго.
Мобуту отказали в предоставлении политического убежища во Франции и Того. Бывший диктатор смог остаться лишь в Марокко. 7 сентября 1997 года Мобуту Сесе Секо умер от рака в Рабате. Похоронен на христианском кладбище Рабата неподалеку от русских захоронений. Богатый мраморный саркофаг регулярно подвергается вандализму со стороны почитателей Лумумбы, в честь которого в центре города названа улица.
Мобуту был женат дважды. Его первая жена Мария-Антуанетта Мобуту умерла от сердечной недостаточности в 1977 году. В 1980 году диктатор женился во второй раз, его супругой стала Боби Ладава. У Мобуту было шесть детей: четверо сыновей от первого брака (Нива, Конга, Конгулу и Манда) умерли, сын и дочь от второй жены. Сын диктатора от второго брака Нзанга Мобуту выдвинул свою кандидатуру на президентских выборах в ДР Конго в 2006 году. Дочь Якпуа проживает в Бельгии.