Родился 25 февраля 1950 года в Рио-Гальегос (Патагония, Аргентина) в семье эмигрантов. Отец — эмигрант-швейцарец, был первым зубным техником в Рио-Гальегосе, подрабатывал на почте телефонистом, где познакомился с получилийкой-полухорваткой Марией Хуаной Остоич, на которой вскоре женился. У них родились три ребенка — Алисия (в будущем министр социального развития), Нестор (будущий президент Аргентины) и Мария Кристина (в будущем стала фармацевтом).
Нестор в 1976 году окончил Национальный университет в Ла-Плате, получив диплом юриста. В 1975 году женился на сокурснице Кристине Фернандес. После окончания университета вернулся в родной город и занялся адвокатурой. В годы военной диктатуры ему приходилось часто скрываться от властей у своих друзей. Однажды его арестовали, но через 3 дня отпустили.
В 1982 году стал работать в администрации провинции Санта-Крус, в 1987 году он возглавил администрацию родного города, а в 1991 году стал губернатором провинции Санта-Крус.
Победил на выборах 2003 года экс-президента Аргентины Менема.
Киршнер принял бедную страну, где бушевал экономический кризис. Аргентина — страна, которая была когда-то на одном уровне с развитыми странами Европы, оказалась накрытой экономическими проблемами, долгами и коррупцией.
Вскоре после прихода к власти, Киршнер произвел изменения в аргентинском Верховном Суде. Он обвинил определенных судей в вымогательстве и оказал давление на них, чтобы они ушли в отставку, также способствуя смещению двух других. Вместо большинства правых и неукоснительно консервативных судей, он назначил новых, кто был идеологически ближе к нему, включая двух женщин (одна из них общепризнанный атеист). Киршнер также отправил в отставку множество генералов и адмиралов, репутация некоторых из которых была запятнана злодеяниями «грязной войны».
Киршнер рассекретил архивы спецслужб, в которых содержались сведения о нацистских военных преступниках, нашедших в стране убежище после Второй мировой войны. Также была отменена амнистия военным, совершившим ужасные преступления в 1976—1983 гг. Нестор Киршнер начал выплату внешнего долга страны, вывел страну с «тёмной полосы» в истории.
Во внешней политике являлся сторонником «взвешенных» отношений с США, продолжил диалог с Великобританией по вопросу Фолклендских островов, являлся сторонником потепления и стабилизации в отношениях с Альбионом. Отношения с Европой в президентство Киршнера похолодели, Аргентина была не согласна с позицией ЕС в ВТО. Отводил центральную роль в решении международных проблем Организации Объединенных Наций (ООН). Был противником расширения Совета безопасности ООН за счёт Германии, Японии, Индии и Бразилии. Большое внимание Киршнер уделял борьбе с терроризмом, выступил с осуждением терактов в России. Сторонник участия Аргентины в миротворческих операциях ООН (направил в «горячие точки» 653 миротворца). Поддерживал разоружение и политику нераспространения ядерного оружия. Осудил военную операцию НАТО в Ираке, считая, что главная роль в урегулировании должна занять ООН. Осуждал как палестинцев, так и израильтян в ближневосточном конфликте. Был противником блокады Кубы американцами.
Партия Киршнера «Фронт победы» одержала победу на парламентских выборах 2005 года (набрала более 40 % голосов избирателей).
Однако в 2007 году он заявил, что не будет баллотироваться на пост президента Аргентины, несмотря на поддержку более 60 % населения страны. Ушел в отставку с поста президента страны 28 октября 2007 года в связи с избранием нового президента — его жены Кристины Киршнер.
Несмотря на его высокую поддержку народом, он подвергается критике со стороны некоторых журналистов и политологов. Они обвиняют Нестора в злоупотреблении властью и излишней централизации власти.
После отставки он оставался влиятельной фигурой «при буэнос-айресском» дворе. 3 декабря 2009 года избран депутатом Национального конгресса. 7 февраля 2010 года у Нестора Киршнера произошла блокировка сонной артерии. Он был экстренно госпитализирован и прооперирован.
В мае 2010 года Нестор Киршнер был избран генеральным секретарём Союза южноамериканских наций на чрезвычайном саммите этой организации в аргентинском городе Кампана. В качестве парламентария он вместе с супругой-президентом активно поддерживал закон о легализации однополых браков.
Умер 27 октября 2010 года в больнице города Эль-Калафате, провинция Санта-Крус. Похоронен в своем родном городе Рио-Гальегос на юге страны. Погребальную процессию возглавляла его вдова Кристина Киршнер, сопровождаемая несколькими тысячами людей. В Бразилии и Венесуэле был объявлен трёхдневный траур.
Жена — Кристина Фернандес де Киршнер, президент Аргентины с 2007 года.