Н. Н. Харузин окончил с отличием московскую гимназии, после чего поступил на юридический факультет Московского университета, но в 1890 году он бросил факультет и после длительной подготовки сдал экзамен на степень кандидата истории в Юрьевском университете (1893).
Уже в студенческие годы этнограф совершает экспедиции с целью изучения народов, в том числе в 1886 году на Кавказ, в ходе которой побывает на территории Северного Кавказа и в Крыму.
В 1892 Н. Н. Харузин совершает поездку в Германию и Францию, где изучает историю, а также знакомится с коллекциями местных этнографических музеев , посещает лекции профессоров, среди которых: Шарль Летурно — известный французский эволюционист , Г. Мортилье и другие.
С 1889—1893 был секретарем этнографического Отдела общества любителей естествознания; издавал и редактировал «Сборник сведений для изучения быта крестьянского населения России», принимал важнейшее участие в развитии журнала «Этнографическое обозрение» (1889):
С 1893 года преподавал в Лазаревском институте восточных языков и Московском Университете.
Умер этнограф 25 марта 1900 года. Надгробие — в западной части Новодевичьего монастыря.