Дважды Герой Социалистического Труда (1948, 1951).
Родилась в 1913 году в деревне Жирятино ныне Судиславского района Костромской области.
С 1931 года — доярка совхоза «Караваево» (ордена Ленина и Трудового Красного Знамени) Костромского района Костромской области.
Член КПСС с 1940 года.
Умерла 24 января 1958 года в посёлке Караваево Костромского района Костромской области.
Об Аграфене Ниловой была написана книга: Золотые руки, Баблюк Б., М., 1961.
В 1963 году на площади центральной усадьбы совхоза был установлен бронзовый бюст героини.