Был назначен кардиналом в шестнадцать лет по стараниям дяди, герцога Монморанси, в 1561 торжественно перешёл в протестантство, желая жениться на Изабелле Готвиль, придворной даме герцогини Савойской. В 1563 папа издал буллу об его отлучении от церкви. С этих пор Колиньи назывался графом Бовэ, хотя и продолжал подписываться: «Кардинал Шатильонский». Во время второй религиозной войны (1567—1568) Колиньи был уполномоченным гугенотов. В 1568 бежал в Лондон, откуда собирался вернуться после Сен-Жерменского мира, но умер, как считают, отравленный, по приказанию Екатерины Медичи.