Родился в семье военных.
В 1983 году окончил Омское высшее общевойсковое командное училище им. М. В. Фрунзе, в 1992 году — Военную академию им. М. В. Фрунзе, в 2003 году — Российскую академию государственной службы при президенте России.
С 1996 года по 1999 год служил старшим офицером отдела антитеррористического центра ФСБ России в Хабаровске, заместителем начальника боевого отдела управления «Альфа» Центра специального назначения ФСБ. Участвовал в проведении контртеррористических операций в «Норд-Осте» и Беслане. В 2005 году уволился полковником запаса С 2005 года возглавлял совет директоров ОАО «Новко».
В 2007 году был избран депутатом Государственной думы пятого созыва по избирательному списку КПРФ в Омской области. КПРФ получила в области 11,6 % голосов, что дало ей право на один депутатский мандат, однако первый секретарь омского обкома КПРФ Александр Кравец, отказался от него в пользу Денисенко. В Госдуме вошёл во фракцию КПРФ, занял пост заместителя председателя комитета по безопасности.
В феврале 2009 года попал в «первую сотню» резерва управленческих кадров, находящихся под патронажем Президента России. 4 марта 2009 года Денисенко в числе 28 участников президентского резерва встретился с президентом Дмитрием Медведевым в Кремле. Ряд СМИ рассматривали возможность того, что кандидатура Денисенко может быть предложена на пост губернатора Омской области.