В 1902 году Отакар Пертольд окончил гимназию в Сланах и затем начал изучать в Карловом университете математику, философию и физику. Немного позже он стал изучать восточные языки и религии Индии, побывав во время учёбы в Англии, Франции, Нидерландах и Германии, где посещал лекции профессора Пауля Дойссена. В 1908 году учёный завершил работу «Herbatismus v pedagogick? literatu?e anglick? a americk?». В следующем году он впервые отправился в Индию и на Цейлон. С началом Первой мировой войны ушёл на фронт, но уже через год после её окончания получил звание доцента благодаря своей работе «Cejlonsk? bo?stva Gar? a Gir?. P??sp?vek k pozn?n? p?vodn?ho n?bo?enstv? cejlonsk?ho». В 1920 году вышел один из важнейших его трудов «Z?klady v?eobecn? v?dy n?bo?ensk?». Между 1920 и 1923 годами Пертольд работал в качестве консула в Бомбее. С 1927 года он работал как экстраординарный, а с 1934 года — как ординарный профессор сравнительного религиоведения в Карловом университете. На время Второй мировой войны Пертольд был вынужден прекратить свои исследования. По окончании войны учёный занял пост руководителя кафедры этнологии и истории религий. В 1948 году он примкнул к марксизму-ленинизму.
Пертольд воспринимал религии специфическим способом. В каждой из них он видел три составляющие: рациональную, эмоциональную и культ. Сами религии учёный делил на три ступени:
Начало религии Пертольд видел в человеческих представлениях о сверхъестественном. Он отказался не только от теорий Герберта Спенсера и Э. Б. Тайлора о происхождении религии, но и от теории Дж. Дж. Фрэзера, который видел начало религии в магии.
Религиоведение было учёным разделено на две части: