Уже первым своим трудом «Fauna Insectorum Fridrichsdalina» (1764), заключающим определение 858 видов насекомых, Мюллер обратил на себя внимание не только на родине, но и за границей.
Мюллер оставил целую литературу систематически обработанных учёных трудов.
Из них наиболее выдаются:
В 1775—1782 издавал «Flora Danica».
Zoologiae Danicae Prodromus стало первым систематическим изданием по датской и норвежской зоологии, и в течение многих лет — наиболее полным. Эта работа была запланирована как начало большого обзора фауны, но до своей смерти Мюллер успел выпустить только один том. Следующие тома (публикация которых была продолжена в 1806), готовившиеся к печати, среди прочих, Сёреном Абильдгаардом и Мартином Генрихом Ратке, так и не достигли уровня «Flora Danica» Георга Христиана Одера (нем. Georg Christian Oeder).
Именем Мюллера назван род растений Мюллера (Muellera L.f.) семейства Бобовые (Fabaceae).