Сын священника; воспитание и образование получил в полтавской семинарии и Киевской духовной академии; в 1851 году был назначен наставником в Академии по классу философских наук; в 1852 году возведён в степень магистра; в 1857 году, сверх философии, ему было поручено преподавание немецкого языка; в 1861 году возведён в звание ординарного профессора и в том же году приглашен на философскую кафедру в Московский университет. В Москве преподавал ещё педагогику в учительской семинарии военного ведомства. В 1869—73 годах был деканом историко-филологического факультета.
Критика Юркевичем работы Н. Г. Чернышевского «Антропологический принцип в философии» положила начало бурной полемике (выступления Чернышевского, М. А. Антоновича и др.), имевшей широкий общественный резонанс. Он подвергся весьма страстным и резким нападкам со стороны Чернышевского, за разбор «Антропологического принципа в философии», напечатанный в «Трудах Киевской Духовной Академии» («Из науки о человеческом духе»). «Заслуги» Юркевича выставил Вл. С. Соловьев, слушатель Юркевича по Московскому университету. Соловьев дважды писал о Юркевиче: некролог Юркевича в «Журнале Министерства народного просвещения», с подробным изложением некоторых статей Юркевича, и статья «О философских трудах П. Д. Юркевича». Соловьев очень тепло отзывается о Юркевиче, который высоко ценил идеалистическую философию, но не немецкий идеализм И. Канта и Гегеля; у последнего Юркевич находил неизлечимую форму мании величия. Последними настоящими философами Юркевич считал Я. Бёме, Г. В. Лейбница и Э. Сведенборга. Точкой зрения Юркевича был «широкий, от всяких произвольных или предвзятых ограничений свободный эмпиризм, включающий в себя и все истинно рациональное, и все истинно сверхрациональное, так как и то, и другое прежде всего существует эмпирически в универсальном опыте человечества с не меньшими правами на признание, чем всё видимое и осязаемое». Юркевич очень любил предостерегать своих слушателей от смешения абсолютного знания со знанием об абсолюте. Первое невозможно; ко второму ведут три пути — сердечное религиозное чувство, добросовестное философское размышление и мистическое созерцание. Склонностью Юркевича к мистицизму, объясняется и отношение к спиритизму. Юркевич, как человек осторожный, не писал о спиритизме, но очень им интересовался и многого ждал от него (см. статью А. Н. Аксакова). О Юркевиче, как педагоге, была помещена статья в журнале «Гимназия» за 1888 год, оставшаяся неоконченной. Список трудов Юркевича, почти полный, можно найти в «Материалах для истории философии в России», изданных Я. Н. Колубовским в «Вопросах философии» (книга 4, пр. 1).
Развил своеобразный вариант христианского платонизма. Идея, по Юркевичу, — объективно реальная сущность вещи, её разумная основа, «норма» и «закон» её существования. Признавая значение опыта и наблюдения, выдвигал требование находить и толковать идею через явления наличной действительности. В основе антропологии Юркевича — библейское учение о роли «сердца» как средоточия всей духовной жизни человека, являющегося, согласно Юркевичу, предпосылкой истинного познания. С марксистских позиций Юркевича критиковал Г. В. Плеханов. Темы работ Юркевича во многом определили проблематику последующего развития философского идеализма в России (например, у Вл. Соловьева, П. А. Флоренского, отчасти Г. Г. Шпета и др.).
Философские труды Юркевича немногочисленны; помещались по преимуществу в «Трудах Киевской Духовной Академии», в «Журнале Министерства народного просвещения» и других учёных изданиях. Наиболее замечательны:
Не менее замечательны труды Юркевича по педагогике. Им изданы «Чтения о воспитании» (1865) и «Курс общей педагогики с приложениями» (М., 1869). Это выдающаяся книга по педагогике на русском языке того времени. На Юркевича имел влияние Куртман, но Юркевич проявил большую вдумчивость и самостоятельность. Книга его распадается на 2 части: общее учение о воспитании и общая теория обучения.