Воспитанник Санкт-Петербургской духовной академии, Савваитов сначала преподавал в вологодской семинарии, где занимался также собиранием вологодских песен, изучением наречий зырянского языка и описанием замечательнейших монастырей Вологодской губернии; потом преподавал в разных учебных заведениях Петербурга. Многочисленные статьи его, посвящённые преимущественно объяснениям старины и русских древностей, и характеристике замечательных русских людей, печатались в «Москвитянине», «Русском архиве», «Русской старине», «Записках Императорского Русского археологического общества» и многих других изданиях.
Под его наблюдением было положено начало изданию «Великих Миней-Четьих», собранных митрополитом Макарием, и новгородских писцовых книг, воспроизведён светопечатью харатейный список Новгородской летописи и приготовлен к изданию старейший из памятников новгородских летописей — «Временник, еже есть нарицается летописание князей земли русския».
Наиболее ценный труд Савваитова — «Описание старинных царских утварей, одежд, оружия, ратных доспехов и конского прибора», извлечённое из рукописей архива московской Оружейной палаты, с объяснительным указателем и 12 таблицами рисунков (1-е изд. 1865, 2-е 1896).
Его издание «Путешествия новгородского архиепископа Антония в Царьград в конце XII ст., с предисловием и примечаниями» (Санкт-Петербург, 1872) отличается большой полнотой.
Важное значение имеют также его: «Объяснение книг Св. Писания», «Грамматика зырянского языка» и «Зыряно-русский словарь» (Санкт-Петербург, 1850), за которые Савваитов удостоен Демидовской премии, и несколько описаний монастырей Вологодской губернии.
Ср. некрологи в «Историческом вестнике», 1895, 9 и «Журнале Министерства народного просвещения», 1895, № 9.