Начал выступления в клубе «Сан Лоренцо», позже играл за «Спортиво Лукеньо», «Олимпия» (Асунсьон), «Серро Портеньо». В конце декабря 2004 года подписал 5-летний контракт с донецким «Шахтёром». Хотя мог перейти в римский «Лацио», римляне были готовы заплатить за парагвайского защитника 1.100.000 ?, но стороны не смогли достичь обоюдного соглашения. В «Шахтёре» он закрепиться не смог, он также не был включён в заявку команды на Кубок УЕФА и на чемпионат Украины. Также появилась информация что Педро отправится в аренду в самарские «Крылья Советов». В итоге он перешёл в свой предыдущий клуб «Серро Портеньо». С 2006 года по 2008 год выступал за клуб «Либертад». В 2008 году перешёл в мексиканский клуб «УАНЛ Тигрес». В 2009 году перешёл в бразильский клуб «Атлетико Минейро».
Выступал за молодёжную сборную Парагвая U-21. Педро Бенитес был включён в заявку сборной Парагвая на Олимпийские игры в Афинах, тогда Парагваю удалось выиграть серебряные медали. За весь турнир Бенитес сыграл всего 15 минут в полуфинальном матче с Ираком (3:1). Однако месяцем ранее он принял участие во всех поединках парагвайской сборной на Кубке Америки, включая и сенсационный матч, в котором была переиграна сборная Бразилии (2:1).