На военной службе в ВС Союза, с 1969 года. Окончил Харьковское гвардейское высшее танковое командное училище имени Верховного Совета Украинской ССР (1973), Военную академию бронетанковых войск имени Маршала Советского Союза Р. Я. Малиновского (1980), Военную академию Генерального штаба Вооруженных Сил Российской Федерации (1995).
Служил в 75-й гвардейской танковой дивизии в Группе советских войск в Германии, командир танкового взвода, с 1975 — командир танковой роты, с 1976 — командир танкового батальона в Киевском военном округе. После окончания академии в 1980 году направлен в 84-й гвардейский танковый полк Киевского военного округа - начальник штаба полка, с 1984 — командир этого полка. При этом на должность командира полка назначен в воинском звании майор, звание подполковник присвоено досрочно в 1986 г. Затем был заместителем командира и командиром 11-й мотострелковой дивизии в Туркестанском военном округе (до 1993 года). Генерал-майор (1992).
После окончания Военной академии Генерального штаба Вооруженных Сил Российской Федерации с 1996 года — заместитель начальника Главного штаба Сухопутных войск (1996—2000). В 1996 году принимал участие в планировании и проведении боевых действий в Чеченской республике. В 1996—1997 годах находился в командировке в Таджикистане, участвовал в боевых действиях на таджико-афганской границе. Генерал-лейтенант (1996).
В 2000 году переведен во внутренние войска МВД России, заместитель Главнокомандующего внутренними войсками МВД Российской Федерации — начальник Управления боевой подготовки внутренних войск МВД. С 2001 года — первый заместитель начальника Главного штаба внутренних войск МВД России. С 23 апреля 2002 года — первый заместитель Главнокомандующего — начальник Главного штаба внутренних войск МВД России. Генерал-полковник (10.06.2003).
С 13 августа 2004 года — Главнокомандующий внутренними войсками. Указом Президента России Путина В. В. от 23 февраля 2007 года Н. Е. Рогожкину присвоено воинское звание генерал армии. Впоследствии статус должности Главнокомандующего внутренних войск МВД был повышен и с 11 января 2009 года генерал армии Рогожкин является заместителем Министра МВД России — Главнокомандующим внутренними войсками Министерства внутренних дел Российской Федерации.
Кандидат педагогических наук. Профессор Академии военных наук.
Женат. Сын — офицер, служит во внутренних войсках МВД России.