Первую игру Джон Ромеро написал в 1984 году — тогда интерактивный проект представлял собой всего лишь программу на бумаге. Свою работу Ромеро опубликовал в популярном тогда журнале inCider. А чуть позднее победил в конкурсе программистов, проводившемся изданием A+.
Промышленной разработкой Джон занялся в 1987, устроившись в компанию Origin Systems, где работал над портированием игры 2400 A.D. с Apple II на Commodore 64. После того, как портирование было отменено (из-за плохих продаж оригинальной версии), его перевели на проект Пола Ньюрэта (Paul_Neurath) Space Rogue. Тогда же Ромеро получил предложение перейти в организованную Ньюрэтом Blue Sky Productions (будущую Looking Glass Technologies). Однако Ромеро предпочел скооперироваться с другими талантливыми программистами и создать собственную студию — Inside Out Software. В ее стенах Джон перенес Might & Magic II с Apple II на Commodore 64.
Вскоре Джон со своим коллегой и другом Лэйном Роутом (Lane Roathe) покинул Inside Out Software и основал собственную компанию — Ideas From The Deep. Вместе они выпустили Zappa Roids для Apple, Apple II и PC, а заодно разработали графическую оболочку для игровых приложений Apple II. Но и здесь Ромеро не задержался надолго — в марте 1989 он перешел в Softdisk, где познакомился со своим тезкой Джоном Кармаком. Однако уже через год он покинул компанию, переманив за собой несколько человек, в числе которых был и его будущий партнер Том Холл (Tom Hall), чтобы создать id Software.
После нескольких лет успешного сотрудничества у Кармака и Ромеро возникли серьёзные разногласия — они поссорились и расстались. Кармак по сей день возглавляет id, а Ромеро основал несколько компаний и сменил не одну работу. Его первым детищем стала Ion Storm, печально знаменитая экшеном Daikatana. Работа над игрой шла три года, но проект в итоге провалился. Благодаря хорошей рекламе компания продала более двухсот тысяч копий за первый год, но крупнейшие игровые издания занесли долгострой в списки худших поделок, а сам Ромеро был вне себя от злости. После холодного приема критиков он временно покинул индустрию PC-игр и занялся интерактивными развлечениями для мобильных телефонов и КПК. Основанная им студия Monkeystone Games, среди прочего, выпустила Red Faction для Nokia N-Gage и юмористическую аркаду Hyperspace Delivery Boy, отметившуюся даже на РС.
После ухода из Midway Games, Ромеро трудился в собственной компании без названия над «совершенно секретным» сетевым FPS-проектом для консолей и ПК, первая информация о котором обещала появиться в 2007 году, но так и не была обнародована в обещанный срок. По неподтвержденным данным, в 2008 году Ромеро сообщил об отмене проекта, но позже Том Мустайн связался с изданием, опубликовавшим информацию, и опроверг ее заявлением, что проект находится в режиме скрытой разработки.
В 2010 году Ромеро совместно с выходцами из Sir-Tech Брендой Брэтуэйт и Робертом Сиротеком основали компанию Loot Drop, занимающейся разработкой казуальных игр для социальной сети Facebook. Позднее к ним присоединился Том Холл. Первая игра студии, Cloudforest Exploration, планируется к выходу летом 2011 года
Ромеро познакомился со своей первой женой Келли Митчелл в 1987 году. В то время Джон работал в ресторане Бургер Кинг в городе Роклин, Калифорния. У них было двое детей (Майкл Альфонсо и Стивен Патрик Ромеро). Со второй женой, Элизабет Энн Мак Колл, Ромеро познакомился в 1990 году, в тот момент она работала в компании Softdisk в городе Шревепорт, Луизиана. У них родилась дочь (Лилия Антуанетта Ромеро). После этого у Ромеро был роман со Стиви Кейс (англ.), девушкой-геймером, ставшей известной после её победы над Джоном в игре Quake. Их отношения продолжались с 1998 года до мая 2003 года. В январе 2004 года Джон Ромеро женился на девушке по имени Ралука Александра Плесса в её родном городе Бухарест. В начале 2010 года пара развелась. В данный момент Джон находится в отношениях с Брендой Гарно Братуэйт, коллегой по Loot Drop.