С 1924 года — профессор Гейдельбергского, с 1928 года — Боннского университетов.
Вступил в НСДАП до прихода к власти Адольфа Гитлера, был убежденным нацистом, писал об особенностях «арийского мировоззрения».
В начале 1950-х годов учениками Ротхакера были Юрген Хабермас и Карл-Отто Апель.
Под влиянием Дильтея разработал концепцию «культурной антропологии». Различные культуры, по мнению Ротхакера, являются уникальными общностями, обладающими своим «окружающим миром» (нем. Umwelt). Человек — носитель и создатель конкретного типа культуры, как исторически-конкретной тотальности. Каждой социальной общности — расе, нации, группе — присущ свой тип культуры.