Родился 17 августа 1907 года в состоятельной семье из Лангедока на юго-западе Франции.
Получил образование в католических школах, затем изучал древние языки и литературу в Тулузе.
В 1930 году с отличием окончил элитарный Парижский институт политических исследований.
В 1931 году начал дипломатическую карьеру в Министерстве иностранных дел.
С 1933 по 1938 год занимал должность секретаря посольства Французской Республики в Афинах, однако затем подал в отставку в ответ на подозрения в коллаборационизме.
В октябре 1940 года Пейрефитт был вызван в Париж и до мая 1943 года (в период режима Виши) продолжил работу в Министерстве иностранных дел.
В феврале 1945 года его карьера окончательно прекратилась из-за обвинения в сотрудничестве с нацистской Германией (в 1962 году Пейрефитт был реабилитирован, однако на службу больше не вернулся). Оставшийся не у дел дипломат обратился к литературному творчеству и историческим исследованиям.
Разностороннее классическое образование, эрудиция, знание и практически документальное использование исторических деталей, едкая ирония, богатый лексикон, лаконичный и живой стиль изложения, литературная плодовитость, а также острые дискуссии, которые вызывают его произведения, поставили Роже Пейрефитта в ряд наиболее заметных французских писателей современности.
В связи с гомосексуальной ориентацией в брак не вступал, однако в 1964 году усыновил и воспитал мальчика (приёмный сын — Ален-Филипп Маланьяк, маркиз д’Арган-де-Виллеле, впоследствии — продюсер и муж певицы Аманды Лир, погиб при пожаре в её доме 17 декабря 2000 года).
Роже Пейрефитт, более полувека подвергавший острой критике Римско-католическую церковь, до конца жизни оставался католиком и умер в Париже 5 ноября 2000 года в возрасте 93 лет.
Романтические произведения Роже Пейрефитта были переведены на итальянский, английский, греческий и некоторые другие языки, однако в XX веке остались практически незнакомы советскому и российскому читателю, поскольку находились под запретом цензуры, как «оправдывающие гомосексуальность», а сам автор (благодаря историческому исследованию, содержащемуся в изданной в 1965 году книге «Евреи») получил известность среди антисемитов, пытающихся использовать его работу для подведения научного фундамента под теорию «еврейского заговора».