С 2001 года по 2002 год выступал за футбольную академию «Тата». Позже выступал за клуб «Мохаммедан» из Калькутты, всего сыграл 31 матч и забил 11 мячей.
В 2004 году перешёл в «Ист Бенгал». В своём первом сезоне 2004/2005 за клуб Наби сыграл в 21 матче и забил 3 гола в чемпионате Индии. «Ист Бенгал» тогда занял 3-е место уступив лишь «Спортинг Клубу де Гоа» и «Демпо». В сезоне 2005/2006 «Ист Бенгал» стал серебряным призёром. Наби вместе с командой трижды выигрывал Кубок Федерации Индии в 2007, 2009 и 2010. Саед Рахим Наби является капитаном команды.
С 2004 года играет за национальную сборную Индии. Вместе с командой выиграл Кубок Неру в 2009. Наби попал в список игроков, которые будут выступать на Кубке Азии 2011 в Катаре.