Родился 6(19) апреля 1912 года в деревня Каишево Башкирской АССР.
Окончил в 1937 году Казанский химико-технологический институт. Затем работал на заводе синтетического каучука в Казани. 1938—1948 работал в институтах органической химии АН СССР. С 1948 по 1954 в институте химических наук АН КазССР. С 1954 по 1967 в институте элементоорганических соединений АН СССР.
С 1968 года по 1977 год был директором Института химии Башкирского Филиала АН СССР. С 1967 по 1984 — председатель президиума Башкирского Филиала АН СССР.
С 1984 года и до самой смерти работал старшим научным сотрудником Института истории естествознания и техники АН СССР.
Сагид Рауфович Рафиков является основателем химии высокомолекулярных соединений в Казахстане.
Им впервые в СССР синтезированы волокнообразные полиамиды, разработаны способ синтеза ароматических карбоновых кислот и их производных каталитическим окислением и окислительным аммонолизом алкилбензолов.
Предложен метод получения привитых сополимеров радиационной полимеризацией мономеров из газовой фазы на твёрдые поверхности.
Сагид Рафиков сформулировал основные положения теории и практики слабого ингибирования и открыл принципы регулирования процессов полимеризации.