Родился в семье сакьяского женатого ламы Санбопэла (Вайли: bzang po dpal) и при рождении получил имя Нима Дебе Лодро (Нима Дебей Лодой, Вайли: nyi ma bde ba'i blo gros).
Среди его учителей был историк Будон Ринчендуб, от которого он получил посвящение Калачакры, и Дагпугпа Содномбал (Drakpukpa S?nam Pal).
Среди известных тибетских учителей, учившихся у Сонам Гьялцена — Цонкапа и Лонгченпа.