Саргис Какабадзе родился в 1886 году селе Кухи близ города Кутаиси.
Учился на факультете востоковедения Санкт-Петербургского университета, окончил его в 1910 году.
С 1911 по 1918 год преподавал историю в одной из гимназий Тифлиса.
С 1919 года был профессором Тбилисского государственного университета. С 1921 по 1926 был директором Государственного исторического архива Грузии.
Основными направлениями научной деятельности Саргиса Какабадзе были: история Грузии, истории грузинской литературы. Большое внимание Саргис Какабадзе уделял изучению наследию Шота Руставели.
Саргис Несторович был автором более 100 научно-исследовательских статей и монографий.
Саргис Какабадзе умер в 1967 году в Тбилиси.