Профессиональный дебют Себастьяна состоялся в команде «Шальке 04» 11 февраля 2006 года, когда он вышел на замену на 84 минуте в выигранном 7:4 матче против леверкузенского «Байера». Кроме этого матча в том сезоне Бёниш сыграл только в выигранном 2:1 матче Кубка УЕФА против «Эспаньола».
В 2007 году Бёниш перешёл в «Вердер» и, более того, дебютировал за молодёжную сборную Германии. В августе 2010 года принял решение выступать за сборную Польши и попал в заявку на матч против Украины.