Место рождения — Венеция либо Бристоль. Сопровождал своего отца Джона Кабота во время второго путешествия в Америку (1498).
Стремясь отыскать пролив в Тихий океан, достиг залива Ла-Плата, где встретил участников экспедиции Хуана де Солиса. В поисках сокровищ поднялся вверх по реке Уругвай, доплыл по реке Парана до порогов у Апипе, основал крепость и спустился по реке Парагвай до реки Бермехо.
В 1530 году возвратился в Севилью, откуда был выслан на три года в Оран в Африке. В 1544 году Кабот опубликовал карту мира. После восшествия на престол короля Эдуарда VI в 1547 году Кабот переселился в Англию, где ему была пожалована пенсия.
В 1551 году в Лондоне основал и возглавил Московскую торговую компанию, которая в 1553—1556 году снаряжала экспедиции на поиск Северо-восточного морского пути. Умер Кабот в Лондоне в 1557 году.