Начинал как бегун на средние дистанции (800 м). Первый тренер — Алексей Наумкин. В настоящее время тренируется у Виктора Чёгина в Центре олимпийской подготовки в г. Саранске.
Помимо побед на Чемпионате мира по лёгкой атлетике, Сергей Кирдяпкин является победителем чемпионата России (2001), обладателем Кубка России (2003)и Кубка Европы (2005).
Окончил Мордовский государственный университет (химический факультет). В настоящий момент получает второе высшее образование на юридическом факультете МГУ имени Н.П. Огарёва. Женат. Жена — спортсменка Анися Кирдяпкина (спортивная ходьба).